首先，這兩個是完全不同的檢查。CT是解剖學顯像，PET-CT是以功能顯像為主，結合解剖顯像。
第二，原理不同，CT檢查在于機器發出射線，穿過人體，在接收器顯影，利用計算機斷層顯示。PET-CT在檢查之前會給注射含同位素的要素，機器不發射線，人發出射線，機器只是采集射線。
第三，針對人群不同。CT由于費用，檢查時間等許多原因，適用人群更多。一般是看完大夫，大夫懷疑你哪里的問題，針對該部位進行檢查。PET-CT對腫瘤病人的意義更大，尤其是有些找不到原發位置的腫瘤。
第四，費用不同，CT是醫保范圍（北京地區正常上班以外時間做CT有單獨開機費50元，是自費項目），PET-CT全自費（北京PET-CT費用8000-12000不等）。