所謂的效應caspase,指的是Caspase 3, 6和7這些能引起細胞的程序性死亡的蛋白酶。一方面它們通過有限的蛋白質水解酶激活下游的目標蛋白（如Caspase激活的脫氧核糖核酸酶, CAD,或是其他的Caspase）。另一方面它們參與核纖肽（在細胞膜上）和肌動蛋白（細胞骨架的成分）的分解過程。 另一方面，DNA的修復會為caspase介導的阻抗反應而受到抑制。
最后細胞慢慢地縮小為一小顆粒，并且為鄰近具有吞噬能力的細胞所吞噬（胞葬作用）。相對于細胞壞死，細胞膜在凋亡過程中保持完整。
細胞色素C從線粒體中溢出到細胞質，這是細胞凋亡的標志之一。這在外始式途徑中是在凋亡過程后期才出現的，這里它反而是凋亡的結果，而不再是在內始式途徑中所擔任的激發者的角色了。細胞物質內，細胞凋亡信號的傳播速度約每分鐘30微米。
在外始式途徑中，又分為主動（由受體的激活開始）和被動（由生長因子，如神經營養素的排出引起）兩種形式。
最重要的抑制細胞凋亡蛋白質有：Bcl-2家族中的抗細胞凋亡成員（Bcl-2和Bcl-xL），蛋白激酶B和Trk受體家族（參看神經營養素）還有IAP蛋白（inhibitor-of-apoptosis protein）。