DNA親和層析是利用親和層析的原理與技術分離能與特定DNA序列相互作用的技術方法。總的過程包括兩步，即：
一、將某一類細胞中所有的蛋白質過含有該類細胞各種片段的DNA層析柱，用低濃度鹽溶液洗去不與DNA作用的絕大多數蛋白，用中濃度鹽溶液洗脫大部分與能DNA相互作用的蛋白。
二、將第一步得到的能與DNA相互作用的蛋白過只含有特定DNA序列的層析柱，然后用中等濃度的鹽溶液洗脫不與該特定DNA序列相互作用的蛋白，然后用較高濃度的鹽溶液洗脫并得到與該特定DNA序列相互作用的蛋白。
