1)凝膠照相后切去包括標記帶在內的多余部分。將凝膠的一角(·點第一個樣品的一側)切去作為標記 以便于定位。精確測量凝膠大小然后將凝膠放入一個方形瓷盤中 。
2)變性：將凝膠浸泡于適量的堿變性液中，室溫下變性30分鐘。期間更換變性液一次，不斷地輕輕搖動。如果先進行酸變性酸變性，則凝膠中溴酚蘭的顏色由黃變藍對于較大的DNA片段(·如大于15kb)凝膠可在堿變性前用0.25mol/L HCl預處理10分鐘使DNA片段脫嘌呤。凝膠中溴酚蘭的顏色由黃變藍后再進行堿變性。
3)中和:移去瓷盤中的堿變性溶液,用雙蒸餾水漂洗凝膠兩次,然后浸泡于適量的中和液中,室溫下輕輕搖動15分鐘,更換新鮮中和液,再中和15分鐘。