一、檢測表達狀況，發現新基因。
Wodicka1997年將覆蓋酵母基因組全部ORF的26萬種25mer探針，陣列于4張玻片，每張6.5萬個探針，將酵母分加富和低限兩組培養，研究不同生長條件下基因表達水平，結果表明90%的基因在兩種條件下均表達，36種mRNA更多地在加富培養下表達，140種mRNA在低限培養中表達。此外，還發現了一批未見報道的新基因。
二、檢測突變和多態性進行遺傳作圖。
Hacia等1996年用96600寡核苷酸陣列，檢測人癌基因BRCA1突變情況，將15個患者樣品和對照樣品分別用兩種熒光標記，發現14人的該基因發生了一個剪輯突變，共出現8種多態性，突變表現在該基因外顯子2的第22個密碼子內。利用SNP制作人類遺傳圖譜，將是第三代遺傳圖譜，此技術完全以DNA微陣列為基礎。 四，DNA序列分析。Donnel等1992，Pease等1994，Yershow等1996，Wallraff等1997都報道了采用DNA微陣列技術進行DNA序列分析。多數研究者采用先合成寡核苷酸序列制作微陣列，然后與標記的未知DNA序列雜交，通過熒光共聚焦顯微鏡掃描，計算機軟件分析得出數據，也有研究者將被測DNA片斷陣列，以標記的寡合苷酸為探針雜交測序。