1984年10月星期一，上午9:05分，英國萊斯特大學年輕的生物學家亞歷克·杰弗里斯（Alec Jeffreys）在做實驗時出現了靈光一現的時刻。他發現了每個人的DNA是不同的。盡管人與人之間的DNA的空間結構差異不大，但在DNA序列的某些區域，存在一些會重復的序列，而每個人重復的次數是不同的。杰弗里斯把這些區域稱為“迷你衛星體”。他意識到，通過檢測“迷你衛星體”是可以確定一個人的身份的。Jefferys及其合作者首次將分離的人源小衛星DNA用作基因探針，意思是它同人的指紋一樣是每個人所特有的。
半年后，可能第一次變為現實，DNA指紋技術首次應用在一樁移民案中法醫鑒定。1985年，一個加納移民家庭中最小的兒子返回加納探親，當他回到英國后，海關發現他的護照被涂改了，因此認定這個孩子是“冒牌貨”。警方邀請杰夫里斯對這個孩子進行DNA指紋鑒別。結果證實，從遺傳特征看，這個孩子是這家兒子的可能性是99．997%。這一結果促成了一家人的團聚。
1986年，DNA指紋技術第一次應用在刑事案件中，幫助警方找到了奸殺兩名少女的兇手，避免無辜者蒙受不白之冤。這個標志性的歷史事件隨后被ITV在 2015年改編為迷你犯罪劇集 Code of a Killer。該片講述的正是在萊斯特郡發生的兩起謀殺案的破案故事，值得一提的是破案之手法是使用了DNA測試，是英國史上第一例使用DNA破案的案例。
1989年該技術獲美國國會批準作為正式法庭物證手段。
進入二十世紀90年代初，杰夫里斯和他的小組被請到巴西，幫助辨認納粹戰犯約瑟夫·門格勒的尸體。
杰弗里斯意外發現“基因指紋”只是一個開端。兩年之后，就有科學家提出了人類全基因組測序的設想。到21世紀初，人類基因組中超過90%的部分已經得到測定。在此期間，科學家也越來越多地認識到了特定基因的功能，包括某些基因與疾病之間的關系。看起來，基因指紋和基因測序已經成為了醫學研究和現實應用中的強大工具。