E.coli基因文庫的分類和選擇

自 1995 年成立以來，Dharmacon 在生物信息學，RNA 生物學和合成化學方面的專長 , 使我們能夠開發出一整套研究基因功能的產品。

作為 RNA 定制合成的leader，Dharmacon 公司是 RNA 干擾新發現領域的早期參與者，并且在若干重要的科學發現中，以及確保沉默效率的 siRNA 試劑的商業化過程中做出了重大貢獻。Dharmacon 公司保持技術進步，利用生物信息學和化學修飾提高產品性能，從而維持了長久以來 siRNA 領域的領先性。當今，我們研究的領域和研究工具已經擴展到支持 RNA 干擾應用的方方面面；如，siRNA，慢病毒shRNA，microRNA 研究工具，以及對基因，microRNA 和 lncodeRNA 進行功能性篩選的全基因組文庫。同樣，在過表達研究應用中，Dharmacon 公司收集了最齊全的商業化 cDNA 和 ORF 文庫。

包括大腸桿菌Keio基因敲除文庫，監測基因表達的啟動子-GFP融合文庫，以及用于研究蛋白質-蛋白質相互作用的標記ORF。大腸桿菌一直是分子遺傳學的模式生物，第一批觀察細菌結合的實驗發生在20世紀40年代。大腸桿菌產品包括有助于進一步了解基因調控、蛋白質-蛋白質相互作用和分析基因功能的突變效應的集合。

 

文庫種類

Dharmacon 大腸桿菌資源庫包括大腸桿菌Keio基因敲除文庫，監測基因表達的啟動子-GFP融合文庫，以及用于研究蛋白質-蛋白質相互作用的標記ORF文庫。

大腸桿菌（E.coli）基因cDNA&ORF文庫 

（1）大腸桿菌Keio基因敲除文庫（E.coli Keio Knockout Collection）

大腸桿菌Keio基因敲除文庫包含一組大腸桿菌K-12中所有非必需基因的單基因敲除突變體。共計3985個基因，每個基因有兩個獨立的缺失菌株，共產生7970個菌株；每一個被刪除的基因被一個卡那霉素抗性盒所取代，該盒側翼帶有FRT位點可被FLP重組酶識別并切除。大腸桿菌Keio文庫不僅是系統功能基因組學的資源，而且可以作為一些反向遺傳學方法的工具。與突變體表型與相應基因相關的正向遺傳方法相反，Keio文庫允許分析與基因功能完全喪失相關的后果。

（2）大腸桿菌啟動子文庫（E.coli Promoter Collection）

Weizmann Institute of Science的研究人員建立了大腸桿菌菌株庫，能夠在活細胞中實時檢測基因表達。每個報告菌株都標記了明亮的、快速折疊的綠色熒光蛋白（GFP），融合到低拷貝質粒中大腸桿菌啟動子的全長拷貝上。這個文庫包括大腸桿菌K12菌株MG1655的1900多個啟動子（整個基因組有2500個啟動子），并且能夠以高精度和重復性地實時檢測基因表達。使用FACS或延時熒光顯微鏡在多孔板中進行實驗，測量單個細胞中的基因表達，靈敏度高。

（3）大腸桿菌標記ORFs（E.coli Tagged ORF）

多倫多大學的Andrew Emili和Jack Greenblatt實驗室發布的Dharmacon? SPA-and-TAP標記的大腸桿菌文庫，旨在促進蛋白質-蛋白質相互作用的研究。共成功標記了857個蛋白，包括198個必需蛋白和保守蛋白。超過四分之一的蛋白質已被源實驗室成功純化。