這是割裂基因結構上的又一個重要特點。每一個內含子的兩端具有廣泛的同源性和互補性,5' 端起始的兩個堿基是GT,而3' 端最后的兩個堿基是AG,通常把這種接頭形式叫做GT-AG法則(GT-AG rule)。