H因子的功能包括以下幾個方面：（1）為Ⅰ因子的輔助因子，可增加C4b對Ⅰ因子的敏感性。在無H因子時，Ⅰ因子與C3b的結合呈絲狀；而在有H因子存在時，I因子與C3b的結合變為彎絲狀，同時與C3b的結合親和力增強（較無H因子時至少高15倍）。H因子強化I因子的機理，可能是H因子與C3b結合后，使C3b出現某些構象變化，增加了與I因子結合的親和力。H因子與C3b結合的活性部位存在于其N端35kDa部分。（2）加速C3轉化酶的衰變：H因子能將已同C3b結合的B因子或Bb從C3酶中逐出，而使之失去酶活性。（3）阻止替代途徑中初始和放大C3轉化酶的形成。已證實H因子和B因子在C3b上有同一結合部位，故H因子可同B因子或Bb競爭與C3b的結合。在有H因子存在時，B因子不易與C3（H2C）及C3b結合，因此不易形成C3（H2C）Bb或C 3bBb。但H因子對固相上和液相中的C3b作用在差別。對液相中或結合于非激活劑固相上裂解。而對于固定到激活劑（如酵母多糖等）表面的C3b，H因子則對C3b的親和力與B因子相當，二者競爭的結果，可形成部分C3轉化酶，以保證替代途徑的活化。有研究報道，在細胞膜上能增強C3b對H因子親和力的化學成分是涎酸和肝素氨基多糖。由于大多數細菌表面缺乏涎酸，因而這些細菌侵入機體后，可活化替代途徑，有助于在早期對感染的控制。（4）對已與P因子或腎炎因子（NeF）結合形成穩定的c 3bBbP或C 3bBbNeF，H因子對它們也有一定的作用，但其效力要比CR1差得多。H因子對C5轉化酶（c 3bnBb或C 3bBb3b）的活性也有抑制作用，并能與C5競爭結合C3b使C5不能裂解。此外，近年發現H因子還可誘導單核細胞分泌IL-1參與免疫應答的調節。