HBV-DNA與乙肝兩對半檢查區別一：檢查對象不同
⑴HBV-DNA檢查主要是對乙肝病毒的脫氧核糖核酸進行定性定量檢查。HBV-DNA定性檢查是檢查HBV-DNA是陰性還是陽性，從而確定是否有感染性；HBV-DNA定量檢查是檢查患者帶有HBV-DNA的數量（病毒載量），從而判定感染性的高低。
⑵乙肝兩對半檢查主要是指通過對乙肝表面抗原（HBsAg）、表面抗體（抗HBs或HBsAb)、e抗原（HBeAg）、 e抗體（抗HBe或HBeAb）、核心抗體（抗HBc或HBcAb）這五項指標的檢測來檢查是否感染乙肝及感染的具體情況，區分大三陽、小三陽。
HBV-DNA與乙肝兩對半檢查區別二：臨床檢測意義不同
⑴HBV-DNA檢查對醫生的診斷和用藥非常重要，如果是陽性而且乙肝病毒載量很高，就須治療。有的人因病情反復，可引起肝硬化；有的則因乙肝病毒DNA和人肝細胞的DNA發生整合，會促使癌變。因此HBV-DNA檢查做為臨床用藥指導意義重大。
⑵乙肝兩對半只能反映體內抗原抗體的攜帶模式及在一定條件下機體的免疫情況，為乙肝病毒感染提供間接證據。乙肝兩對半的各項指標，具有的的臨床意義也不同。例如：HBsAg(+）是乙型肝炎病毒感染的指標；HBeAg(+）是乙肝病毒在體內復制（繁殖）的指標，提示傳染性較強；抗-HBc(+）提示體內存在HBcAg，是既往或現癥感染乙肝病毒的標志。