HPV主要通過性接觸在生殖器間傳播。
與生殖器疣患者性交傳染生殖器疣的準確風險未知，但有研究估計在65%或更高。
針對子宮頸HPV病變女性的大多數研究表明，其伴侶大約64%～70%出現HPV陰莖病變，由于病變很小，雙方都難以發現其存在。
暴露于HPV后4周到8個月內通常會發展成生殖器疣。但一些人可能處于潛伏期數年甚至幾十年，所以一般不可能準確發現暴露者何時從何處感染了HPV。
伴侶一方出現的HPV病變很可能傳染給另一方。一些研究表明其HPV不會在伴侶間反復傳染。感染同一型更多的病毒似乎不會延遲病變的消除，其原因是疣或子宮頸病變的消除主要依賴治療的效果及個人免疫反應對病毒的抑制能力，而不是同一型HPV的病毒數量多少。這些知識對伴侶非常重要，可以減輕對對方HPV性傳播的恐懼。但是在疾病完全痊愈前更換性伴侶有可能帶給對方新的風險。