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兩個不同的病人的CpG位點見下表

圖4:miR-195 CpG島的150bp擴增區
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圖5:從4個CLL患者中克隆miR-195可能調控區,使用Qiagen EpiTect Kit進行重亞硫酸鹽處理,之后PCR擴增,Lightscanner檢測,測序。不同的患者采取不同的甲基化模式擴增(0-8 Cs)。熔解曲線是含有18 CpG位點的269bp的片段(A)和含有5 CpG位點的150bp的片段(B)。


圖6:等量混合不同患者的進行不同甲基化模式的克隆,并擴增了含有5CpG的150bp的片段。使用甲基抑制劑處理前后進行甲基化和未甲基化控制的比較,熔解曲線分別為患者P3(A),P4(B),V1(C),V3(D)。




圖7:甲基化的和非甲基化的DNA樣品按不同的比例混合,150bp的片段含有5和CpG位點。

總結
用不同的DNA甲基化模式來評價LightScanner 高分辨熔解曲線的能力。用質粒控制含100%甲基化的和未甲基化的部分表現出一定的劑量關系,50%混合后與未甲基化的偏離程度最大。分析結果證明對小片段的甲基化檢測的靈敏度在2%,大片段的靈敏度在10%。
在CLL分析中,經過甲基抑制劑處理后檢測患者miR-195基因CpG島的甲基化位點。不同克隆之間只要有意個被保留的C就可以在異源或同源混合的樣品中區分開。結論證實了使用高分辨溶解曲線是檢測甲基化位點簡單且靈敏的方法。