IonPGM測序儀讀長達到400bp

　　Life Technologies公司近日宣布，適用于Ion PGM?測序儀的400 bp測序試劑盒已上市。讀長的改善使產量增加，也帶來了更完整的細菌de novo組裝。目前Ion 318?芯片上的400 bp運行的產量可達1-2 Gb。

　　德國明斯特大學的Dag Harmsen教授去年曾使用Ion PGM? 測序儀來追蹤致命的大腸桿菌。他認為：“Ion Torrent準確的400 bp長讀取實現了出色的細菌de novo組裝。不一定需要末端配對讀取，才能獲得最好的結果。”

　　據了解，測序讀長的增加源自半導體芯片測序系統的改進，包括文庫擴增、測序聚合酶以及測序反應條件。測序過程中使用了一種新的突變酶，它表現出高的準確性和持續測序能力。這一試劑盒適用于那些需要捕獲長外顯子中所有遺傳變異的應用。例如，有些研究人員需要了解人類白細胞抗原(HLA)基因或16S核糖體基因的遺傳數據，這時，長讀取就很關鍵。

　　亞利桑那癌癥中心的研究助理教授George Watts博士表示：“如果沒有長的400 bp讀取，根本不可能在Ion PGM上測序細菌16S rRNA基因的V1-V2區域。使用400 bp讀取，讓我們能夠增加擴增子的信息密度，從而更好地確定復雜微生物群體的組分。”

　　Ion PGM測序儀在兩年前上市，與它同時發售的是Ion 314?芯片，產量大約為10 Mb。兩年來，Life Tech陸續發售了Ion 316?和Ion 318?芯片，產量提高了100倍以上。以下是三種芯片的性能參數。

　　同時，Ion PGM?和Ion Proton?測序儀的準確性也有所改善。新的Torrent Suite v3.4整合了原始讀取準確性和一致變異檢出的算法改進。這些改進讓這兩款測序平臺能夠實現>99.996%的一致準確性。

　　此外，Life Tech還推出另兩款新產品。Ion Total RNA-Seq Kit for AB Library Builder?，它讓cDNA文庫制備變得簡單、快速且靈活;Thermo Scientific? MuSeek? Library Preparation Kit，它利用MuA轉座酶來片段化DNA，同時加上標簽，從而省去了剪切和連接接頭的步驟，讓文庫制備可在90分鐘內完成。