線粒體DNA的位點突變被認為是LHON的特異性病征，國外已報道25個位點突變，一般公認原發突變位點有11778（G→A）占40%，3460（G→A）占6%～25%和14484（T→C）占10%～15%。1991年Huoponen等首先在N41基因發現3460位點突變，次年1992年John等發現14484位點突變。中國LHON11778位點突變占66%，但罕見。現認為位點突變與LHON密切相關，亦有少數4146及14459位點突變被認為是與LHON相關的主要致病性突變。
