Namocell單細胞分離儀應用——單細胞測序

2018年11月，Namocell與CZ-Biohub（Chan Zuckerburg Biohub）合作，在單細胞測序領域做出了新的嘗試。CZ-Biohub利用Namocell單細胞分離儀分選出目的B細胞，并且將其進行單細胞測序，為抗體新藥的發現邁出了重要一步。

單細胞RNA測序（scRNA-seq）作為一種全基因組測序的方式，在單細胞層面廣泛用于確定細胞類型和細胞變異的鑒定。Namocell單細胞分離儀可以通過細胞標記CD27以及一種細胞活性的染料，來分選出單個活的B細胞。通過分析分離后的單細胞基因表達情況，對比靜息記憶B細胞，可以從單細胞層面研究基因表達差異。

圖一，人的未成熟記憶B細胞在mCD40L-3T3中批量刺激培養6天。收集細胞并用CD27-PE和CellTracker Green進行細胞染色。通過Namocell單細胞分離儀篩選PE/FITC雙陽性的細胞，單細胞分選至96孔PCR板，分選前PCR板中已預先鋪好4ul/孔的裂解液。通過cDNA合成情況得出單細胞分選的比例為97%。接下來進行V_H和V_L抗體可變區域（A，n=8）的特異性基因的擴增或者全轉錄組文庫制備；通過二代測序獲取序列，參照靜息記憶B細胞BCR抗體表達資料組進行對比分析（B）；B細胞激活基因的差異（C）；   整體基因升降規律（D）。每孔只有一組BCR轉錄物，以及通過Sanger測序確定的V_H和V_L質量，都充分說明了分入PCR管中的只有一個細胞。

上述實驗數據確定了分選出來的單細胞的效率，同時也驗證了通過實驗前期處理和設門標準得到的確定是激活的B細胞。更重要的是，來自分選后的單細胞的cDNA適用于后續的單細胞轉錄組文庫制備和免疫球蛋白輕重鏈可變區域的全長PCR。Namocell單細胞分離儀提供了一種全新的桌面式單細胞分選平臺，并且可以與下游單細胞測序分析無縫對接。