對于每天都沉浸在分子實驗的科研人員來說,如果可以在早期就了解到樣品精確的數量(濃度)和質量(純度),將非常有助于實驗的進展和有效的防止下游實驗的失敗。
雖然無論是用微量檢測還是熒光計檢測,您都可以在幾秒鐘內獲得到DNA,RNA或蛋白質樣品的濃度和純度,但由于下游實驗目的的不同,選擇準確的測量方式將成為實驗成功的關鍵步驟。
◆ 微量檢測
微量檢測是從根本上解決了科研者需用大量樣本來評估核酸和蛋白樣品的檢測方式。
◆ 熒光計
熒光計是一種使用高靈敏度的定量分析法精確測量DNA,RNA和蛋白質的檢測方式,它采用的熒光染料僅在與目標靶標結合時才會產生信號,從而最大限度地減少污染物的影響(包括降解的DNA或RNA)。
表1. Nano-500微量與熒光檢測功能用于核酸定量的比較
微量檢測
熒光計
概況
快速簡單 -可直接測量純化樣品,無需稀釋
特異性測量dsDNA,ssDNA,總RNA、microRNA濃度
技術原理
光吸收
熒光
工作流程
1.將樣品移液到基座上
2.測量
3.讀取吸光度
1.將樣品與試劑混合
2.孵化2-5分鐘;
3.讀取熒光值
應用
對DNA,RNA和蛋白質的濃度和純度進行評估
當樣品濃度極低(<2ng/ul)或需要更高的靈敏度或懷疑核酸污染物時(例如RNA中含有的DNA或dNTPs)
dsDNA定量范圍(ng /μl)
2-15,000
0.01–1000
核酸樣品純度評估
樣品純度簡單評估
A260/A280
A260/A230
(圖1)
無法對樣品純度進行評估
(圖2)
表2. Nano-500微量與熒光檢測功能用于蛋白定量的比較
微量檢測
熒光計
提供預編程的一些應用
1.直接定量A280
2.缺乏色氨酸和酪氨酸殘基的蛋白質或肽的A205肽鍵吸光度
3.比色蛋白質測定:Bradford、BCA、Lowry
1.熒光檢測可顯示出蛋白質與蛋白質之間微小的差異(BSA、雞卵白蛋白、雞蛋溶菌酶、IgG等均可區分);
2.檢測結果不會被大多數污染物干擾,包括鹽類、還原劑(DTT,β-巰基乙醇)、DNA和氨基酸,但不能清除洗滌劑。
表3. 哪種儀器最適合您的核酸定量和質量評估需求?
微量檢測
熒光計
常規PCR
由于常規PCR已廣泛應用,通常只需用微量檢測來量化模板。
熒光計亦適用于常規樣品,尤其是當樣品中含有A260的污染物時(dNTPs,寡核苷酸,RNA等),其為優選。
定量PCR
微量檢測可通過260/280、260/230等比值來判斷核酸純度,避免因樣品問題導致的引起的擴增失敗(例如苯酚等)。
熒光計可精確定量核酸濃度,但是由于缺少不能反應樣品純度,低純度樣品可能對PCR反應會存在抑制現象。
測序
通常可用微量來量化模板,除非樣品在260nm處容易產生大量的污染物(例如DNA樣品中的 RNA)。
如果樣品在260nm處容易產生大量的污染物,則熒光計測定的高特異性是優選。
NGS
在庫構建過程中,當允許不影響下游實驗的污染物存在時,可用微量檢測
可靠的NGS結果需要高度準確的模板濃度,熒光計的特異性和靈敏度更符合需求。
RT-qPCR
標準RNA提取不易受DNA污染,因此微量檢測可用于確定下一步反應的RNA量。
熒光計檢測的特異性和靈敏度適用于常規樣品,當樣品含有DNA污染或降解RNA(dNTP或NTP),則熒光計檢測是優選。
二者直觀的工作流程
1.選擇
2.閱讀樣本
3.查看結果
將快捷簡便的微量檢測與特異靈敏的熒光檢測巧妙設計在一起的Nano-500微量分光光度計,可為您提供精確的量化和生物分子質量的智能評估,并通過防止下游實驗的失敗幫助您節省實驗室的大量時間和金錢。
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