Nature發布基因組研究重要成果

　　如果歌手Paul Simon給Richard Lenski長期進化實驗（LTEE）中的細菌寫首歌，那歌名可以是“這么多年以后仍然在改變。”

　　發表在8月1日《自然》（Nature）雜志上的研究論文中，這位密歇根州立大學的著名微生物學和分子遺傳學教授與一個國際研究小組，利用先進的技術研究了數萬代的大腸桿菌。他們測序了大腸桿菌的全基因組，準確描繪出了一些攜帶有益突變，使得細菌比它們的祖先具有競爭優勢的基因。

　　來自不同代LTEE的這些大腸桿菌已在冷凍箱中保存了近30年，研究人員現在復蘇它們查看了它們DNA中的改變。能夠重返冷凍箱研究多年前的樣本，是Lenski將LTEE稱作為是“不斷帶來新研究成果的實驗”的原因之一。

　　Lenski 說：“開展如此長期的一項實驗其好處之一就是，會一路涌現我在1988年啟動LTEE時不存在的一些新技術。直到1995年才測序了首個細菌基因組，現在在這篇論文中，我們從這次實驗中測序了264個完整的基因組。”

　　研究小組對數百個大腸桿菌基因組進行測序，檢測了經歷50,000多代這些細菌如何改變了它們的DNA。研究人員在LTEE的12個種群中發現了14,000多個改變。每個種群以不同的方式發生改變，但也有一些重要的共性。

　　最重要且最簡單地就是，這些突變集中于一組基因中——在這些基因中突變賦予了細菌競爭優勢。種群間出現的一個驚人差異是，一半的種群比另一半以更高的速度突變，即便它們都起源于具有低突變率的同一祖先菌株。

　　德克薩斯大學奧斯汀分銷分子生物科學助理教授Jeffrey Barrick 說：“即便是在最簡單的微觀世界中我們可以想象研究進化——一種細菌被保存在實驗室中無變化的條件下多年，我們正在了解有關進化速度和過程的一些新東西。這種定量信息對于人類健康非常重要，它提高了我們預測在慢性感染和我們的微生物組中細菌如何進化的能力。”

　　近期，涌現了不少值得關注的基因組研究成果。一個國際研究小組首次成功地對銅器時代的大麥基因組進行了測序。這是迄今重建的最古老的植物基因組。這些6000年前的種子是從以色列Judean沙漠Masada要塞南崖靠近死海的Yaram洞穴獲得的。從遺傳學來說，史前大麥非常類似于目前種植在Levant南部的大麥，從而支持目前“大麥馴化發生在Upper約旦河谷”的假設。研究結果以兩篇論文的形式發表在2016年7月18日的《Nature Genetics》雜志上。

　　一個國際科學家小組測序了來自地理位置分散的一些地區1000多種擬南芥植物的全基因組和表觀基因組。1,001個基因組與1,001個表觀基因組的集合不僅闡明了擬南芥進化史的一些新方面，還提供了有關這一重要模式植物中遺傳與表觀遺傳變異之間互作的一張最全品種的全面圖像。研究論文發表在2016年7月14日Cell雜志上。

　　來自云南大學、中科院昆明動物研究所、中科院北京基因研究所等10多家研究機構的研究人員，在新研究中對金絲猴進行了基因組分析，鑒別出了與高海拔適應相關的一些基因和過程。他們的研究成果發布在2016年7月11日的Nature Genetics雜志上。