一、RNA提取
方法一、改良異硫氰酸胍提取法
試劑及其配制
異硫氰酸胍變性液：
貯存液－在含484ml 水（經DEPC處理）, 17.6ml 0.75mol/L檸檬酸鈉（pH7.0）和26.4ml10%Sarkosyl的溶液中加入250g異硫氰酸胍，加熱至60~65℃并持續攪拌使之充分溶解。貯存液室溫保存備用（不超過3個月）。
工作液－在每50ml貯存液中加入0.35ml2-ME即配制成工作液。工作液于室溫下保存不超過1 個月。工作液各成分的終濃度為：
4mol/L異硫氰酸胍
25mol/L檸檬酸鈉pH 7.0
0.5%(w/v)N-十二烷基肌氨酸(Sarkosyl)
0.1mol/L 巰基乙醇(2-ME)
其它溶液：
2mol/L 乙酸鈉 (NaAc) 緩沖液 (pH 4.0)
水飽和酚（pH 3.5）
49∶1 (v/v) 氯仿/異戊醇
100%異丙醇
70% 乙醇（用DEPC處理水配制）
DEPC處理后高壓滅菌水
試驗程序
1.取 0.5~1g左右新鮮植物組織置于研缽中，加入液氮，迅速研磨成均勻的粉末。
2.將粉末全部移入冰上預冷的離心管中，并向其中加入5ml異硫氰酸胍變性液，輕輕搖動離心管使混合均勻。
3.順序加入2mol/l NaAc 0.5ml、水飽和苯酚5ml、氯仿/異戊醇1ml，每加入一種試劑都輕輕搖動離心管混合均勻，最后將離心管蓋緊，倒轉幾次混合均勻，冰浴15min.。
4.4℃ 條件下15000g離心30min.，將上層水相轉移至另一干凈的離心管中，并加入等體積的異丙醇，混勻后置于－20℃冰箱冷凍1h.。
5.4℃ 條件下13000g離心25min.，小心去除上清液，沉淀溶于1.5ml異硫酸胍變型液中（體積為第一次變性液的1/3），再加入等體積的異丙醇，混勻后置于－20℃冰箱冷凍1h.。
6.4℃條件下13000g離心20min.，沉淀用70%乙醇洗一次，晾干后溶于適量體積（50μg/100μl）的DEPC處理水中，檢測后分裝，置于－70℃低溫條件下保存。
注意事項
RNA
提取過程中，為了保證所提取的RNA的純度和完整性，其中有兩個方面的問題需要特別控制，一是去除與RNA結合的蛋白質，二避免內外源Rnase對RNA
的降解。在RNA的提取中，常采用的蛋白質變性劑有苯酚、氯仿、十二烷基磺酸鈉（SDS）等。為防止外源Rnase的污染，所有試驗用品均需用DEPC處理并高壓滅菌，所有試劑配制均需使用經DEPC處理過的水或滅菌處理。內源RNase的抑制采用異硫氰酸胍等強還原劑。為避免人體污染，所有試驗操作均應帶手套，避免人體接觸所有用品。
方法二、改良Krapp提取法
試劑及其配制
RNA抽提掖：
母液：4mol 異硫氰酸胍
20mmol EDTA
20mmol MES
pH 7.0
工作液：取400ml母液加入1.7ml 2-ME貯存在4℃條件下備用。
RNA重懸液：2mol LiCl
10mmol NaAc
調整終體積為250ml，pH 5.2，滅菌后貯存在4℃條件下備用。
試驗程序
1. 取新鮮植物材料0.5~1g，冷凍干燥。如果必要可加入0.2g砂一起研磨，然后加入 10ml RNA抽提掖充分混勻。
2.4℃條件下 8000rpm離心10min.，將上層水相轉移至一干凈離心管中，加入等體積的酚/氯仿抽提掖，在4℃條件下8000rpm離心10min.。
3. 上清液轉移至一干凈離心管中，再用10ml氯仿洗上清液1次（加入10ml氯仿充分混勻后，在4℃條件下8000rpm離心10min.）。
4. 小心將上清液轉移至另一干凈離心管中，加入1/10 vol 3mol NaAc和2 vol冷無水乙醇，在-80℃條件下沉淀2小時。
5.在 4℃條件下8500rpm離心30min.，小心棄去上清液，沉淀重懸于RNA重懸液中，置于4℃條件下1小時。
6.4℃條件下8500rpm離心10min.，棄去上清液，沉淀溶于適當體積的DEOC處理水中。檢測后分裝，置于-70℃條件下保存。
二、RNA質量檢測
提取的RNA需要對其質量和數量進行檢測。實驗室常用的方法有紫外吸收值檢測和電泳檢測兩種。
方法一、紫外吸收檢測
試劑：TE ( 10mmol/L Tris, 1mmol/LEDTA)。
dH2O
試驗程序
1.預熱紫外分光光度計10～20min.。
2.取兩個1ml的狹縫石英杯，一個裝入1mlTE溶液作為空白校正液，用來校正分光度計零點及調整透光度至100。
3.取4μl RNA待測樣品加入另一比色杯中，加dH2O至1ml，用無菌石蠟膜堵住杯口，倒轉混勻。
4.將兩個比色杯置于分光光度計中，調入射光波長，用空白溶液分別調整T至100、OD至0，然后測定樣品在260nm、280nm、230nm的OD值。
RNA濃度和純度分析
濃度計算：對于單鏈RNA，OD260＝1.0時，RNA濃度為40μg/ml，按照上述稀釋方式，即OD260＝0.1時，其RNA濃度為1μg/ml。
純度分析：純凈的RNA樣品其OD260/OD280的比值應介于1.7~2.0，小于此比值說明有蛋白或苯酚污染，如果比值大于2.0則可能被異硫氰酸胍污染；OD260/OD280比值應大于2.0，如果小于此比值說明有小分子及鹽類污染。
方法二、變性瓊脂糖凝膠電泳檢測
試劑及其配制
MOPS緩沖液（10×）: 200mmol/L MOPS ( pH 7.0 )
50mmol/L NaAc
10mmol/L EDTA
準確稱取41.86g MOPS, 6.8g NaAc, 3.72g
EDTA，先用適量的用DEPC處理的水溶解NaAc，再將MOPS溶解其中，再加入已用同樣方法處理水溶解的EDTA，混勻后用2mol/Ld
NaOH將調整pH 至7.0，最后定溶至1000ml，過濾滅菌后避光保存。
上樣染料：50%甘油，1mmol/L EDTA，0.4%溴酚藍，0.4%二甲苯藍
其它試劑：甲醛（37%溶液，13.3mol/L）
甲酰胺（去離子）
將10ml甲酰胺和1g離子交換樹脂混合，室溫攪拌1 小時后用Whatman濾紙過濾。等分成1ml于-70℃貯存。
溴化乙錠（EB，10mg/ml）
70% 乙醇
試驗程序
1.將制膠用具用70%乙醇沖洗一遍，晾干備用。
2.配制瓊脂糖凝膠：稱取0.5g瓊脂糖，置于干凈的燒瓶中，加入40ml蒸餾水，微波爐內加熱溶化均勻。
3.待膠涼至60~70℃時，依次向其中加入9ml 甲醛、5ml 10×MOPS緩沖液和0.5μl溴化乙錠，混合均勻后立即灌膠（注意避免產生氣泡）。
4.樣品制備：取DEPC處理過的
500μl小離心管，依次加入10×MOPS緩沖液2μl、甲醛3.5μl、甲酰胺（去離子）10μl、RNA樣品4.5μl，混合均勻；將離心管置于
60℃水浴中保溫10min.，再置于冰上2min.；向每管中加入3μl上樣染料，混勻。
5.上樣：將制備好的凝膠放入電泳槽中（上樣孔一側靠近陰極），加入電泳緩沖液（1×MOPS緩沖液），液面高出膠面1～2mm，小心拔出梳子使樣品孔保持完好。用微量移液器將制備好的樣品加入加樣孔，每孔上樣20～40μl。
6.電泳：蓋上電泳槽，接通電源，樣品端接負極，于7.5V/ml的電壓下電泳2小時左右，當溴酚藍到達凝膠底部時停止電泳。電泳結束后，即可在紫外燈下檢測結果。