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  • 發布時間:2019-07-29 22:09 原文鏈接: PCR技術的原理與方法(2)

    ?PCR反應的成分和作用 
    總體積:一般為25μl~100 μl 
    (一)無Mg2 buffer:由純水、kcl、Tris組成。Tris用于調節反應體系pH值,使Taq酶在偏堿性環境中反揮活性。kcl可降低退火溫度,但不能超過50 mmol/L,否則會抑制DNA聚合酶活性。 
    (二)Mg2 :終濃度為1.5~2.0mmol/L,其對應dNTP為200 μmol/L,注意Mg2 與dNTPs之間的濃度關系,由于dNTP與Taq酶竟爭Mg2 ,當dNTP濃度達到1 mmol/L時會抑制Taq酶的活性。 Mg2 能影響反應的特異性和產率。 
    (三)BSA:一般用乙酰化的BSA,起著減少PCR管對Taq酶的吸附作用,對Taq酶有保護作用。 
    (四)底物(dNTPs):dNTPs具有較強酸性,其儲存液用NaOH調pH值至7.0~7.5,一般存儲濃度為 10 mmol/L,各成份以等當量配制,反應終濃度為20~200μmol/L。高濃度可加速反應,但同時增加錯誤摻入和實驗成本;低濃度可提高精確性,而反應速度會降低。
    (五)Taq酶:能耐95℃高溫而不失活,其最適pH值為8.3~8.5,最適溫度為75~80℃,一般用72℃。能催化以DNA單鏈為模板,以堿基互補原則為基礎,按5’→3’方向逐個將dNTP分子連接到引物的3’端,合成一條與模板DNA互補的新的DNA子鏈。無3’→5’的外切酶活性,沒有校正功能。某種dNTP或Mg2 濃度過高,會增加其錯配率。用量一般為0.5~5個單位/100μl。
    (六)模板:PCR對模板DNA的純度不要求很高,但應盡量不含有對PCR反應有抑制作用的雜質存在,如蛋白酶、核酸酶、TqaDNA聚合酶抑制劑、能與DNA結合的蛋白質。 
    模板DNA的量不能太高,否則擴增可能不會成功,在此情況下可適當稀釋模板。 
    (七)引物:引物濃度一般為0.1~0.5μmol/L,濃度過高會引起錯配和非特異擴增,濃度過低則得不到產物或產量過低。引物長度一般15~30個堿基,引物過長或過短都會降低特異性。其3’末端一定要與模板DNA配對,末位堿基最好選用A、C、G(因T錯配也能引發鏈的延伸)。 
    引物G C約占45~55%,堿基應盡量隨機分布,避免嘧啶或嘌呤堆積,兩引物之間不應有互補鏈存在,不能與非目的擴增區有同源性。

    ?PCR反應條件的選擇(影響因素)
    ?溫度參數: 
    1.變性:模板變性完全與否是PCR成功的關鍵,一般先于94℃(或95℃)變性3~10min,接著94℃變性30~60s。 
    2.退火:退火溫度一般低于引物本身變性溫度5℃。引物長度在15~25bp可通過公Tm=(G C)×4℃ (A T)×2℃計算退火溫度,一般退火溫度在40~60℃之間,時間為30~45s。如果(G C)低于50%,退火溫度應低于55℃。較高的退火溫度可提高反應的特異性。

     


     


    3.延伸:延伸溫度應在Taq酶的最適溫度范圍之內,一般在70~75℃。延伸時間要根據DNA聚合酶的延伸速度和目的擴增片段的長度確定,通常對于1kb以內的片段1min是夠用的。 
    循環數: 
    PCR的循環數主要由模板DNA的量決定,一般20~30次循環數較合適,過多的循環數會增加非特異擴增產物,具體要多少循環數可通過預試驗確定。 
    PCR產物積累規律: 
    反應初期產物以2n呈指數形式增加,至一定的循環數后,引物、模板、DNA聚合酶形成一種平衡,產物進入一個緩慢增長時期(“停滯效應”),即“平臺期”。到達平臺期所需PCR循環數與模板量、PCR擴增效率、聚合酶種類、非特異產物竟爭有關。 

     

    ?PCR擴增儀



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