1、標記物在RIA中核素標記抗原，在IRMA中核素標記抗體。抗原有不同種類，根據其化學結構，標記時需用不同的核素和不同的方法。抗體為蛋白質，有利于碘化標記，不同抗體標記方法基本相同。標記抗體的比活度高，提高了分析的靈敏度。
2、反應速率反應速度與反應物的濃度呈正比，在IRMA中標記抗體是過量的，而且不存在競爭性結合復雜的反應，所以反應速度較RIA快。在RIA中抗體量是微量的，所以一定要用高親和力的多克隆抗體，而在IRMA中應用親和力較低的單克隆體也能得到滿意的結果。
3、反應模式RIA為競爭抑制，測得放射性的量與受檢抗原呈反比。IRMA為非競爭結合，劑量反應曲線為正相關的直線關系。
4、特異性在比位點IRMA中，一般均應用針對不同位點的單克隆抗體，其交叉反應率低于應用多克隆抗體的RIA。
5、標準曲線的工作濃度通常RIA的工作范圍為2～3個數量級，而RIMA可達3個數量級以上。
6、分析誤差RIA中加入的抗體和標記抗原都是定量的，加樣誤差可嚴重影響測定結果。IRMA中標記和固相抗體在反應中都是過量的，只有受檢標本的加樣誤差才會影響分析結果。因此，IRMA的批內和批間變異均比較小。
7、其他RIA可以測定大分子量與小分子量的物質，雙位點IRMA只能測定在分子上具有2個以上抗原表位的物質。
在RIA中應用的多為克隆抗體，親和力和特異性要求較高，但用量很少。IRMA中標記抗體和固相抗體用量較多，一般均用來源豐富、特異性較高的單克隆抗體。