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  • 發布時間:2019-03-27 15:11 原文鏈接: RNA干涉實驗——體外轉錄合成siRNA分子實驗

    實驗方法原理采用噬菌體 RNA 聚合酶(T7、T3 或 SP6 RNA 聚合酶)可以很方便地在體外合成 siRNA 分子的正義與反義 RNA 鏈,然后再通過退火形成雙鏈的 siRNA 分子。體外轉錄合成 siRNA 分子與化學合成雙鏈 RNA 分子相比,其成本相對要低得多,而且有研究報道前者對靶基因的抑制效果明顯優于后者,這可能是由于它們的化學性質不同造成的。在實驗室中較常采用 T7 RNA 聚合酶體外轉錄合成 siRNA 分子。

    實驗材料

    DNA 寡核苷酸

    試劑、試劑盒

    SilenceTM siRNA Construction 試劑盒核酸轉染試劑

    實驗步驟

    一、材料與設備

    1. 工人合成的 DNA 寡核苷酸(帶有 T7 啟動子)。

    2. SilenceTM siRNA Construction 試劑盒(Ambion 公司)。

    3. 核酸轉染試劑(如 Lipofetaminc 2000) 。

    二、操作方法

    1. 設計并合成兩條長 29 nt 的 DNA 寡核苷酸(作為合成 siRNA 的模板),它包含一 段 21 nt 的 siRNA 序列和一段 8 nt 的與 T7 啟動子(試劑盒提供)3' 端互補的序列(5'-CCT-GTCTC-3' )。

    2. 用經 DEPC 處理的無菌水溶解合成的正、反義鏈 DNA 模板至終濃度為 100 μmol/L 首先將合成的兩條 siRNA 分子模板分別與 T7 啟動子引物雜交。反應體系如下:T7 啟動子引物 2 μl,DNA 雜交緩沖液 6 μl,siRNA 分子單鏈 DNA 模板 2 μl,總體積 10 μI。
    將混合液于 70℃ 變性 5 min,然后冷卻至室溫并放置 5 min。

    3. 然后采用 DNA 聚合酶 ⅠKlenow 大片段進行延伸,產生雙鏈的 siRNA 分子轉錄模板。反應體系如下:DNA 模板混合液 10 μl,10X KIenow 反應緩沖液 2 μl,10X dNTP 混合液 2 μl,無核酸酶水 4 μl,Exo-Klenow 2 μl,總體積 20 μl。
    輕輕混勻后置于 37℃ 反應 30 min。

    4. 對于每個 siRNA 分子應該進行兩次體外轉錄反應以分別合成 siRNA 分子的正義與反義鏈。每個轉錄反應都要按照如下的順序加入相應的成分:正義或反義 siRNA 鏈模板(步驟(3) 的反應產物)2 μl,無核酸酶水 4 μl,2X NTP 混合物 10 μl,10X T7 反應緩沖液 2 μl,T7 RNA 聚合酶 2 μl,總體積 20 μl。

    將上述組分輕輕混勻后置于 37℃ 反應 2 h,然后將正義與反義 RNA 轉錄產物混合,置 37°C 水浴過夜(>16 h) ,使正義與反義RNA 單鏈分子退火形成雙鏈的 siRNA 分子。

    5. 在轉錄產物中加入 DNase 和單鏈特異性的 RNase T1,37℃ 處理 2 h,以去除 DNA 模板、siRNA 引導序列以及未雜交的 RNA 分子,然后加入 400 μl 的 siRNA 結合緩沖液并置于室溫 2~5 min。

    6. 在含有濾膜的 siRNA 分子制備離心柱中加入 100 μl siRNA 漂洗緩沖液(wash buffer ), 再加入步驟 (5) 獲得的 siRNA 溶液,室溫 10000 r/min 離心 1 min,棄洗液并用 500 μl 漂洗緩沖液重復洗離心柱一次。

    7. 將離心柱置于一個干凈的 1.5 ml Eppendoff 離心管中,在離心柱中加入預熱到 75℃ 的無核酸酶的水,并置于室溫 2 min,然后室溫 12000 r/min,離心 2 min,洗脫液即為純化的 siRNA 分子。用紫外分光光度計確定所制備的 siRNA 溶液的濃度。

    8. 取制備好的 siRNA 分子在 Lipoktaminc 2000 介導下轉染細胞,或置 -70°C 保存備用。


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