實驗原理：
基本同 Southern Blotting，但因RNA 是單鏈分子，必須消除局部區域形成的二級結構，在電場中泳動的距離才能反映它本身的大小，因而需使用變性膠進行電泳；另應特別注意防止RNA 的降解。
實驗材料：
經檢測質量好的 RNA
實驗步驟：
1．制膠：
Agarose 1%-1.2% ， 1×MOPS buffer 。
用滅菌的 DEPC 水定容，加熱融化，冷卻至 70℃ 加甲醛，使終濃度為 2% ，通風櫥中放 1hr 。
2．準備電泳液： 1×MOPS buffer （小號槽約配 500ml ，中號槽約配 900ml ）
3．制樣：測好濃度后按以下體系加樣 :
15μg RNA+ 滅菌的 DEPC 水 10ul
Sample buffer 8ul
loading buffer 2ul
EB (10mg/ml, 專用于 RNA) 0.03ul
65℃ 水浴變性 10min ，立即放冰上，直至點樣
4．點樣：點樣要仔細，不要漏出，并記住點樣順序
5．電泳：中號槽：電壓 100V 電泳 1hr 左右，至溴酚蘭離點樣孔約 3.5-4cm （凝膠在紫外燈下可看到 28S 和 18S 剛好分開即可）
6．轉膜：轉膜液用 500ml 4×SSC 加 27ml 37% 甲醛（終濃度為 2% ）；轉膜步驟同 Southern 。注意加溶液后一切操作均在通風櫥內進行，以避免甲醛對人體的傷害
7．照相：將膠及膜取下，分別在凝膠成像系統下看膠上 RNA 是否有殘留，膜上RNA 效果是否完好。
8．風干：在超凈工作臺上吹干。
9．固定：于紫外交聯儀內以 1200 ENERGY 照一次約半分鐘，再重復一次，再在超凈工作臺上吹干。
10．預雜交：在雜交管內加約 50ml 雜交液，將膜卷起放入，注意 RNA 面朝內，于 64℃ 預雜交 1-4hrs
11．探針準備：預先挖膠回收的 PCR 產物或酶切產物（ better ），測濃度，跑膠驗證后，按以下體系加入：
DNA 3ul （約 200ng ）
ddH2O 10ul
dNTP （ 1.67mM ） 4ul
雜交 Buffer 10ul
Klenow Fragment 2ul
α-dCTP* 5ul
先加入 DNA 和 ddH2O ，100℃ 變性 10min ，冰上放 5min ，再加入 dNTP和雜交 primer ，加酶時注意低溫操作，先加在管壁上， 立即到同位素室加同位素，混勻離心，于室溫下反應半小時。
12．探針純化：在原反應體系中繼續加入：
ddH2O 66ul ； NaAc 10ul ；
無水乙醇 250ul
混勻離心 5min，12000rpm，倒上清加 500ul 無水乙醇洗，離心 2min ，12000rpm，倒上清，測信號，達 103-104
較好，加 40ul ddH 2O 和 400ul 雜交液之后混勻離心，于 100℃ 變性 10min，冰上放 5min
13．加探針：取出雜交管倒去雜交液，加入 15ml 雜交液，將探針加入，蓋緊，于 64℃ 雜交過夜
14．洗膜，壓片：將雜交管中液體倒出，先加少量洗膜液 Ⅰ ，冷洗 5min ，倒出，再多加些洗膜液 Ⅰ ，冷洗 10min
，將膜取出測信號，根據信號大小決定是否熱洗，若信號高，用洗膜液 Ⅱ ， Ⅲ
繼續洗，直到信號值達到適宜值為止，即膜上某一區域信號強，而其他區域信號弱代表雜交上了，然后包膜壓片，放于-20℃ 或 -80℃ 3 天左右即可洗
X 片。
15．結果觀察與分析