聚丙烯酰胺凝膠是由丙烯酰胺(簡稱Acr)和交聯劑N，N’一亞甲基雙丙烯酰胺(簡稱Bis)在催化劑過硫酸銨(AP)，N，N，N’，N’ 四甲基乙二胺(TEMED)作用下，聚合交聯形成的具有網狀立體結構的凝膠，并以此為支持物進行電泳。
聚丙烯酰胺凝膠電泳可根據不同蛋白質分子所帶電荷的差異及分子大小的不同所產生的不同遷移率將蛋白質分離成若干條區帶，如果分離純化的樣品中只含有同一種蛋白質，蛋白質樣品電泳后，就應只分離出一條區帶。SDS是一種陰離子表面活性劑能打斷蛋白質的氫鍵和疏水鍵，并按一定的比例和蛋白質分子結合形成密度相同的短棒狀復合物，不同分子量的蛋白質形成的復合物的長度不同，其長度與蛋白質分子量呈正相關。因此，各種蛋白質 SDS復合物在電泳時的遷移率，不再受原有電荷和分子形狀的影響，只是分子量的函數。這種電泳方法稱為SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳(簡稱SDS-PAGE)。