1．樣品的濃縮效應
以往不連續電泳系統中，含有上、下槽緩沖液(Tris—Gly，pH8.3)、濃縮膠緩沖液(Tris—HCl，pH6.8)、分離膠緩沖液(Tri s—HCl， pH8.8)，兩種凝膠的濃度(即孔徑)也不相同。在這種條件下，緩沖系統中的HCl幾乎全部解離成Cl一，兩槽中的Gly(pI一6.0，pK a=9.7) 只有很少部分解離成Gly的負離子，而酸性蛋白質也可解離出負離子。這些離子存電泳時都向正極移動。Cl一速度最快(先導離子)，其次為蛋白質，Gly負離子最慢(尾隨離子)。離子Cl一很快超過蛋白離子，因此在其后面形成一個電導較低、電位梯度較陡的區域，該區電化梯度最高，這時在電泳過程中形成的電化梯度的不連續性，導致蛋白質和Gly離子加快移動，結果使蛋白質在進入分離膠之前，快、慢離子之間濃縮成一薄層，有利于提高電泳的分辨率。
2．分子篩效應
蛋白質離子進入分離膠后，條件有很大變化。由于其pH升高(電泳進行時常超過9．0)，使Gly解離成負離子的效應增加；同時因凝膠的濃度升高，蛋白質的泳動受到影響，遷移率急劇下降。此兩項變化，使Gly的移動超過蛋白質，上述的高電壓梯度不復存在，蛋白質便在一個較均一的pH和電壓梯度環境中，按其分子的大小移動。分離膠的孔徑有一定的大小，對不同相對分子質量的蛋白質來說，通過時受到的阻滯程度不同，即使凈電荷相等的顆粒，也會由于這種分子篩的效應，把不同大小的蛋白質相互分開。