以往不連續電泳系統中，含有上、下槽緩沖液(Tris—Gly，pH8.3)、濃縮膠緩沖液(Tris—HCl，pH6.8)、分離膠緩沖液(Tri s—HCl， pH8.8)，兩種凝膠的濃度(即孔徑)也不相同。在這種條件下，緩沖系統中的HCl幾乎全部解離成Cl一，兩槽中的Gly(pI一6.0，pK a=9.7) 只有很少部分解離成Gly的負離子，而酸性蛋白質也可解離出負離子。這些離子存電泳時都向正極移動。Cl一速度最快(先導離子)，其次為蛋白質，Gly負離子最慢(尾隨離子)。離子Cl一很快超過蛋白離子，因此在其后面形成一個電導較低、電位梯度較陡的區域，該區電化梯度最高，這時在電泳過程中形成的電化梯度的不連續性，導致蛋白質和Gly離子加快移動，結果使蛋白質在進入分離膠之前，快、慢離子之間濃縮成一薄層，有利于提高電泳的分辨率。