Southernblot的基本原理是:硝酸纖維膜或尼龍濾膜對單鏈DNA的吸附能力很強,當電泳后凝膠經過DNA變性處理,覆以上述濾膜,再于其上方壓上多層干燥的吸水紙,借助它對深鹽溶液的上吸作用,凝膠上的單鏈DNA將轉移到濾膜上。
轉移是原位的,即DNA片段的位置保持不變。轉移結束后,經過80℃烘烤的DNA,將原位地固定于膜上。