體外原位成活與失活胞內病原體的診斷
此圖為體外活細胞和死細胞的定量分析。因為失活病原體不能夠吸收DAPI，所以軟件能夠做出宿主細胞中病原體的區別。對樣本進行EB-AO平行染色。StrataQuest識別細胞的胞質（綠色部分），細胞與細胞接觸部分（橘色）。
（A）AO灰階圖用于薄膜的檢測（綠色部分），細胞邊緣的確定（橘色部分）。（B）對粘連細胞進行詳細分析。（C）反向回溯確定巨噬細胞擁有多于2個失活寄生蟲。（E）擁有失活寄生蟲的巨噬細胞的頻率分析。（F）擁有不同數量失活寄生蟲的吞噬細胞的頻率分析。
冰凍切片利用DAPI染色然后TissueQuest進行分析。DAPI的信號指出病原體的DNA并未退化。活檢，活檢，干燥前的病原體仍然具有活性。StrataQuest軟件創建胞核（橘色）和核膜（綠色）。因此，DAPI陽性病原能夠在宿主細胞的胞漿部分進行識別。
此圖為寄生負載的評估。（A）被感染的淋巴腺。灰階圖為DAPI+宿主細胞核和寄生蟲DNA。（B）胞核，胞漿和寄生蟲的重疊影像（C）（D）反向回溯擁有3和5-10寄生蟲的細胞（E）感染細胞的寄生負載。
此實驗中，TissueQuest和StrataQuest軟件能夠檢測如下特點：
1) 寄生負擔
2) 感染細胞的表型
3) 定位
4) 細胞-細胞聯系
后續研究中會著重在宿主-寄生蟲的聯系的分子反應機理，在微生物方向疾病治愈做出提高。