然而,我們今天知道基因的行為和結構是非常復雜,而且RNA存在轉錄后加工,肽鏈也存在翻譯后加工,一個順反子未必對應一種蛋白質(必然屬于結構基因,但未必是一個完整基因),一個基因也不再對應一個酶或一個蛋白質,而是分為結構基因(轉錄出RNA或進一步翻譯出肽鏈)、非結構基因(調節功能)。所以順反子只有在特定情況下才可能剛好也是一個基因。
也存在兩個基因才構成一個順反子的情況(基因互作,極性突變)。
