很早就有用隨機引物的PCR，但由于無法有效地控制由隨機引物引發的非特異產物的產生，所以一直未能廣泛應用。近年來由IJiu等設計的TAIL-
PCR(Termal Asymmetric Interlaced
PCR)又叫熱不對稱交錯PCR，則解決了這個問題，后來有研究表明，經改良過的TAIL-PCR成功地從突變體中克隆到外源插入基因的旁側序列，從而為啟動子的克隆提供了有效的新方法。
在利用特異引物和隨機引物進行PCR中一般有3種產物生成：(1)由特異性引物和簡并引物擴增出的產物； (2)由同一特異性弓l物擴增出的產物；(3)由同一簡并引物擴增出的產物。在TAIL-PCR反應中，其中后2種目標產物可以通過以嵌套的特異性引物進行的后續反應來消除。
TAIL-PCR的基本原理是利用目標序列旁的已知序列設計3個嵌套的特異性引物(specialprimer，簡稱 sp1，sp2，sp3，約20bp)，用它們分別和1個具有低Tm值的短的隨機簡并引物(Arbitrarydegenerate prime，AD，約14bp)相組合，以基因組DNA為模板．根據引物的長短和特異性的差異設計不對稱的溫度循環，通過分級反應來擴增特異引物(流程如圖5所示)。
TAIL-
PCR共分3次反應。第一次反應包括5次高特異性、1次低特異、10次較低特異性反應和12個熱不對稱的超級循環。5次高特異性反應，使sp1與已知的序列退火并延伸，增加了目標序列的濃度；1次低特異性的反應使簡并引物結合到較多的目標序列上；10次較低特異性反應使2種引物均與模板退火，隨后進行12
次超級循環。經上述反應得到了不同濃度的3種類型產物：特異性產物(I)型和非特異性產物(Ⅰ型和Ⅲ型)。第二次反應則將第一級反應的產物稀釋1000倍作為模板，通過10次熱不對稱的超級循環，使特異性產物被選擇地擴增，而非特異產物含量極低。第三次反應又將第二次反應的產物稀釋作模板，再設置普通的
PCR反應或熱不對稱超級循環，通過上述3次PCR反應可獲得與已知序列鄰近的目標序列。
Gento等曾用構建的含有潮霉素抗性基因
(hph)的雙元表達載體pBIG2RHPH2轉化真菌，然后利用TAIL-PCR法克隆得到的真菌轉化子基因組DNA的T-DNA插入區的旁側序列并取得了成功。根據T-DNA區的HPH基因設計了擴增右邊界的3個引物HS1～HS3，以及擴增左邊界的引物HAS2～HAS4，另外又根據不同的轉化子分別設計了簡并引物ADl～AD3(引物位置如圖6所示)。
在首輪
PCR中，以AD/HS1為引物擴增右邊界(以AD/HAS2擴增左邊界)，然后取首輪PCR產物為模板，以AD/HS2(AD/HAS3)進行二次
PCR，再以二次PCR產物為模板，AD/HS3(AD/HAS4)為模板進行第三輪PCR，將3輪的PCR產物進行電泳分析結果表明，采用TAIL-
PCR的方法成功地從突變體中獲得了帶有T-DNA左右邊界的旁側序列，從而證明了TAIL-PCR法是有效地擴增基因旁側序列的方法，為啟動子的克隆又增添了1種可行的方法。
TAIL-PCR不需要PCR前的任何DNA操作，避免了環化和連接，速度快，特異性強，效率高，靈敏，在分子生物學研究的各個領域都有廣泛的應用。