T-RFLP的主要原理與步驟大體如下：1.提取DNA；2.設計1-2對通用引物(主要根據16S rRNA基因)進行PCR擴增，（每對引物的1條5'端標記熒光);3.產物純化后,酶切.每組酶切產物中只有一條片段末端標記了熒光.4.酶切產物通過毛細管電泳,或測序膠電泳,熒光掃描.5.結果分析:每1個熒光峰至少代表1個細菌或幾個近緣的細菌,峰面積可粗略認為與細菌在某一部位的微生態群落中的數量.
