UVP的凝膠電泳分析軟件使用方法

在各個論壇上看以過許多凝膠電泳分析的軟件，但沒有UVP使用的Labwork的介紹。

如果你購買了UVP的凝膠電泳拍攝及分析系統，上面就會帶一個labwork分析軟件。打開這個軟件你就可以發現其界面非常熟悉，原來這就是Media Cybernetics公司利用Imageproplus程序的內核專門應用于分析凝膠電泳圖片的軟件。上面還有許多Imageproplus的功能呢。

分析電泳圖片還是很簡單的，兩分鐘就能學會，只要在那個1D-Gel工具條從上往下一個一個點開來設置一下就OK。

打開一個圖片后，先要把圖片上的電泳條帶擺得橫平豎直，加樣孔處于圖片上方。這一步只要點第一個菜單rotate，然后用鼠標轉圖片就是。

第二步是指定泳道。點Lanes.利用彈出的菜單可以刪掉或添加泳道，用鼠標可以拖動泳道位置，還可以在泳道上下邊拖來延長或縮短泳道長度。

泳道寬度設置時，先勾上Uniform lanes width，然后在最上面的lanes width上把數值加大或減小一些。讓選擇泳道寬度框全部覆蓋住條帶。

設置完了泳道，再設置條帶。

占bands菜單，在dark bands bright background與bright band dard background之間選一個（DNA凝膠是白帶黑背景，蛋白質凝膠是黑帶白背景），min band height設一個稍大的值（別太小，否則自動找到一大堆條帶還得一個個刪）。

點一下find band。就自動找到一些明顯的條帶了，用add 和delete band按紐加上未找到的條帶，刪掉誤識別的條帶。這個操作也很簡單，點add band按紐，出來一個新對話框，不理它，可以在電泳照片上認為該有條帶的地方點一下，就強迫加上了一個條帶。還可以在lane frofile窗口的曲線上準確找到峰頂位置點一下加上條帶。加完后點OK回到band窗口。

注意每個條帶也有一個計算范圍，可在曲線上拖它的上下邊界。這個邊界的選擇要仔細。一方面盡量讓各條帶的范圍一致，另一方面則是選擇條帶光密度峰的山腳處作為邊界。這兩者很難同時滿足。經常得犧牲一方面。

設置完泳道與條帶，下一條是設置背景。前面還有個加樣孔位置要設置，因為我們已經把加樣孔放到上方了，就不必設置它了。

背景的較正方法有許多選擇，但只有一個實用。就是joining valleys.上一帖圖中峰下面有一根斜線，那就是背景扣除的界限。下面的面積被扣除。只計算背景線上方的區域作為條帶定量的依據。

最麻煩的是設置marker參數。

點marker菜單，彈出設置窗口，上面是指定marker泳道位置的按紐。系統默認第一泳道為marker。但我們經常把marker放到另的泳道上去。這塊膠上有兩個marker，分別在第一與第十三泳道上，設定方法是：

點reset清除掉窗口，再點select/unsel...按紐。在第一與第十二泳道上分別點一下，窗口中會出現lane 1和lane 13字樣，說明這兩個泳道被指定為marker。

下一步要指定Marker中各條帶的分子量。
1.點new按紐，出來一個新的窗口，最上面要起個名字（test）。
2.在下面的數字窗口中輸入第一個分子量數字（2000）。點一下旁邊的勾。
3.再點add按紐。
4.可見第一個分子量數據已經顯示到窗口里了。
5.重復2、3輸入全部的分子量數值。
6.點OK回到上一個窗口，可以看見marker的分子量已經輸入。

點一下auto loc按紐，這里要注意，如果是六個marker條帶，則marker泳道里一定得有正好不多不少六個選定的條帶。否則就亂套了。

有時候電泳跑得歪，兩個marker的對應條帶并不在同一水平面上，這時要作校正。把上面那個automatic slant correction選項給勾上。

對于泳道條帶跑得歪，又作了兩個marker時，可以用slant進一步校正。點slant按紐調出窗口。

1.點add slant line按紐，出來一個新對話框。
2.在兩個marker的相同分子量條帶上各點一下，回來點next M.W.按紐，再去找下一對等分子量marker條帶，或者點OK結束。
3.回到上一個窗口還是點OK。 

點result。結果窗口就出來了。

在show菜單要選show both，這樣每個泳道有兩列數據，分別顯示分子量與測定值。

測定值則要顯示IOD（積分光密度）。這個最不會出錯。選其他的都有可能出一些計算錯誤的。各條帶量的比較，就是比較它們之間的IOD數值。

圖象分析方法屬于半定量分析。誤差很大的。雖然軟件也帶有強度校正的功能，但實際上用起來麻煩還不準確。一般不用它。還是各條帶之間互相比較IOD更實用一些。

IOD數值都比較大，所以會顯示成3.5e6的格式，這是3.5乘10的6次方的意思。

這張圖片沒有Marker，當然就只剩下IOD數值了。

分析結果也可以送到Excel里去。在文件--DDE to Excel命令上點一下就把數據送過去了。

要注意數據最下面的兩行，倒數第二行的SUM指的是本泳道所有選中條帶的IOD總和。而in line的總和是這個泳道中所有條帶，不論你是否選中它作為計算條帶，它們的累加值。因此往往這兩行的數值會不一樣。