①根據所做的鑒定選擇相應的鑒定卡：GN——革蘭氏陰性桿菌鑒定卡；GP——革蘭氏陽性菌鑒定卡；NH——苛養菌鑒定卡；YST——酵母菌鑒定卡；ANC——厭氧菌鑒定卡；AST-GN——革蘭氏陰性桿菌藥敏卡；AST-GP——革蘭氏陽性球菌藥敏卡；AST-YST——真菌藥敏卡。
②根據所選鑒定卡配制相應濃度的菌懸液：
鑒定卡
GN：0.5～0.63麥氏單位；
GP：0.5～0.63麥氏單位；
NH：2.7～3.3麥氏單位；
YST：1.8～2.2麥氏單位；
ANC：2.7～3.3麥氏單位。
藥敏卡
AST-GN：3.0mL鹽水+145μL 0.5～0.63麥氏單位菌懸液；
AST-GP：3.0mL鹽水+280μL 0.5～0.63麥氏單位菌懸液；
AST-YST：3.0mL鹽水+280μL 1.8～2.2麥氏單位菌懸液。
③將調好濃度的菌懸液取3mL，放入一次性塑料試管中，將試管放入載卡架上。
④將相應的卡片按順序放在載卡架上，將卡片的輸樣管插入到菌液管中。藥敏卡應放在配對鑒定卡的后面。
⑤進入 VITEK2COMPACT 應用軟件主界面。掃描載卡架條碼或直接選取卡架號。掃描試卡條碼，將鑒定試卡與藥敏試卡鏈接，并輸入標本信息。
⑥將載卡架放入儀器的填充倉，按“充入”，70s左右填充完畢。
填充完畢后，儀器的藍色指示燈閃亮。將載卡架取出并放入裝載倉。儀器自動掃描條碼，審核所有輸入的卡片信息是否正確，確認無誤后自動進行封口和上卡。操作完成后，儀器口的藍色箭頭閃亮提示。如下所示。
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⑦儀器每隔15min自動閱讀孵育倉內所有卡片，并將數據傳入英文工作電腦，電腦分析所有數據并給予結果，確認無誤結果可傳至中文電腦，由操作者認可并發放臨床報告。
⑧已完成的卡片由儀器自動卸載入廢卡箱。