檢測器檢測。
理論上,從普通培養基中收集分泌蛋白,此時對細胞生長條件的影響最小,是最佳的實驗條件:但是這存在隱憂。因為含血清的培養基中含有非常豐富的BSA(牛血清白蛋白)之類的蛋白質,除非你進一步分離純化,否則直接用這種樣品去WB會有非常大的麻煩,尤其當你的蛋白在60-46kDa之間的時候:用“任何”抗體去檢測這一區間的蛋白,會有一片常強的信號。
因為此區間蛋白(主要是BSA)濃度過于富集,會非特異性粘附“任意”抗體從而最終被識別。同理,采用SDSLB裂解細胞制備樣品前,通常要用PBS洗滌,其目的之一是去除培養基中的BSA。
采用無血清培養基收集細胞上清除了改變細胞的生理狀態外(可能激活未知信號途徑,諸如AKT等),還會出現的問題是:
1.即使采用了無血清收集上清,仍然有大量雜蛋白,但相對好很多。
2.選用了上清,由于蛋白濃度太稀,通常要采用TCA沉淀富集,再重新溶解。
3.TCA沉淀對半定量操作要求非常高,因為很容易沉淀不充分或者離心操作丟失,尤其在離心過程,離心管的擺放非常講究,要180度翻轉離心兩次。重新溶解時,由于蛋白需要在一定的鹽離子條件下才能重新溶解,你要摸索充分溶解的條件,相對麻煩。
實際上,如果你不是非常強調蛋白的分泌有什么生理功能,一般不建議檢測上清,尤其半量的WB實驗檢測不同樣品間的差異。這里面有實驗操作細節的麻煩-經驗之談,我經參與的cancer cell 文章所研究的蛋白就是分泌型蛋白,但90%的數據是celllysis:偶用到上清,也只是作為富集純化該蛋白的原料,為進一步分析做準備。