用波帶片作為聚光鏡、顯微波帶片作為成像放大物鏡、CCD 為探測器, 分辨力可達10 nm。將樣品連上了制冷裝置( 氦氣)、轉動機構，并使CCD 與計算機連接，則可做斷層掃描(CT)，并從屏幕上直接觀察CT 圖。
水窗： 水窗是指從波長2.3 nm 至4.4 nm的一個波段范圍。用此范圍的X 射線入射于生物樣品，水中含有的氧對它們的吸收很小( 40%)，而有機體中的碳對它們的吸收卻很高( > 60%)，可以認為水對此波段的光是透明的，使水和氧間的襯度很高。故用此波段的光來觀察含水生物樣品，可避開氧吸收的干擾，清楚看到主要由碳構成的有機分子的構造。
透射式X 射線顯微鏡既可利用吸收襯度成像也可用相位襯度成像。這兩類儀器在構造上略有差別，相襯顯微鏡的聚光器不是單一的波帶片，而是由環狀孔徑、波帶片和針孔構成。環狀孔徑將入射光限制為一個環，波帶片將其單色化并聚焦在位于針孔中的試樣上，從試樣出射的光經顯微波帶片和位于其背焦面附近的環狀相位板( 添加位相) 而成像在探測器上。