1) 不同的元素激發和探測效率不同，有的元素很容易激發和檢測，有的元素很難激發和檢測，那么強度和含量的關系大不相同。
2) X射線熒光光譜分析中一個重要的難點是解決元素之間的吸收增強效應的問題。
最簡單的方法當然是采用標準樣品，通過檢測標準樣品的熒光強度，在熒光強度和含量之間通過最優化算法（線性或非線性最小二乘回歸或其它最優化算法），建立數學模型。采用建立的數學模型對未知樣品進行定量分析，通常稱之為經驗系數法。
經驗系數法不可避免的問題是離不開標準樣品，如果存在元素之間的吸收增強效應，為了通過最優化算法得到元素之間互相的影響系數，需要的標準樣品的個數會更多。即使有足夠多的合格標準樣品（通常是比較難的），得到的數學模型的適用范圍也會受限，通常不能超出標樣涵蓋的范圍。之所以多數X射線熒光分析儀分析的元素種類有限，部分原因在于找不到標準樣品，沒有標準樣品的元素，即使硬件上是可分析的，定量精度也無法得到保證。
所以，通常經驗系數法適用于樣品基體相對穩定、元素種類有限，且具備系列標準樣品的情況，一但上述情況變得復雜，經驗系數法定量精度就受到挑戰，從而，經驗系數法限制了XRF定量精度和應用范圍。