新測序技術揭開病毒突變“王國”
最近，新加坡A*STAR的研究人員，設計出一種測序技術，可在患者體內病毒（如乙型肝炎病毒）迅速變異時，跟蹤所產生的特異病毒變體。這一突破對“進化中的病毒種群的結構”提供了前所未有的視圖，并能有助于開發新藥，防止病毒株對藥物和免疫反應發展出抵抗力。相關研究結果發表在最近的《Genome Biology》。 病毒突變通過每個基因組中的小改變，產生單核苷酸變異（SNV）。在一個病毒基因組上發生的單核苷酸變異集合被稱為單倍型。這些突變在不同宿主之間有所差異，從而產生的病毒基因組拷貝，在不同宿主之間也略有不同。科學家認為，突變的基因組在病毒復制中發揮了一定的作用。 A*STAR 分子和細胞生物學研究所的William Burkholder與其他科學家帶領了這項研究，他指出：“深度測序已經徹底改變了病毒進化研究。然而，它不夠敏感，因此不能發現罕見的SNVs，發現不了同一基因組上發生的突變，或者不能將病毒群體中的突變組織成不同的遺傳群......閱讀全文
關于病毒基因組的基本介紹
病毒是最簡單的生物，完整的病毒顆粒包括外殼蛋白和內部的基因組DNA或RNA（有些病毒的外殼蛋白外面有一層由宿主細胞構成的被膜（envelope），被膜內含有病毒基因編碼的糖蛋白。病毒不能獨立地復制，必需進入宿主細胞中借助細胞內的一些酶類和細胞器才能使病毒得以復制。外殼蛋白（或被膜）的功能是識別和
病毒基因組的結構特點介紹
1.病毒基因組大小相差較大,與細菌或真核細胞相比，病毒的基因組很小，但是不同的病毒之間其基因組相差亦甚大。如乙肝病毒DNA只有3kb大小，所含信息量也較小，只能編碼4種蛋白質，而痘病毒的基因組有300kb之大，可以編碼幾百種蛋白質，不但為病毒復制所涉及的酶類編碼，甚至為核苷酸代謝的酶類編碼，因此
武漢病毒所在蝙蝠飛行和免疫適應進化基因組學研究獲進展
近期，由5個國家9個實驗室組成的聯合研究團隊解析了2種蝙蝠的全基因組序列。這2種蝙蝠分別來自澳大利亞的大蝙蝠狐蝠(Pteropus.alecto)和中國的小蝙蝠大衛鼠耳蝠(Myotis.davidii)。分析結果提供了蝙蝠飛行、免疫系統及其它獨特生物學特性的適應性進化的生物信息學證據。相關成果發
新冠病毒可“植入”人體基因組？PNAS最新學術研究引爭議
在COVID-19大流行的最初幾個月，分析測試結果的醫護人員發現：已經從COVID-19中康復的病人有時會在幾周甚至幾個月后的PCR測試中莫名其妙地出現陽性。 這些人并未二次感染COVID-19，從他們的樣本中也沒有分離出活的病毒。而且，RNA的壽命通常很短，所以陽性測試不太可能是殘留RNA的
武漢病毒所蝙蝠飛行和免疫適應進化基因組學研究獲進展
近期，由5個國家9個實驗室組成的聯合研究團隊解析了2種蝙蝠的全基因組序列。這2種蝙蝠分別來自澳大利亞的大蝙蝠狐蝠（Pteropus.alecto）和中國的小蝙蝠大衛鼠耳蝠（Myotis.davidii）。分析結果提供了蝙蝠飛行、免疫系統及其它獨特生物學特性的適應性進化的生物信息學
未知基因組的神秘“巨型病毒”揭示病毒世界變異性
據國外媒體報道，目前，科學家最新發現一種具有未知基因組的神秘巨型病毒。 該病毒被稱為“Yaravirus”，是在巴西貝洛哈里桑塔城帕普哈人工湖中發現的，它是以巴西神話傳說中“水仙（Yara）”的名字命名的。盡管該病毒可能不是什么超自然警報，但它可能像神話中的“水仙（Yara）”一樣神秘。 因
NGS:病毒耐藥突變檢測精度提高20倍
Population Genetics Technologies（PGT）今日宣布了與凱斯西儲大學和合作，深入開發基于下一代測序技術的艾滋病病毒耐藥性診斷測試。 該項新型診斷測試將采用PGT公司所自主開發的VeriTag技術，提高下一代測序技術的敏感性，幫助臨床醫生為HIV患者制定更加科學的治
我國學者發現新型寨卡病毒突變
5月18日《自然》發表的一篇論文稱，研究人員發現了一種寨卡病毒突變，寨卡病毒在近來的疫情中傳播速度較快，可能源于這種突變。在此前已知的一種會影響蚊子感染黃病毒（黃病毒包括寨卡病毒和登革熱病毒等）的蛋白質里，研究人員發現了所述突變。 寨卡病毒是一種通過伊蚊屬蚊子傳播給人類的蟲媒病毒，在法屬波利尼
新冠病毒源于自然界又有新證據
自新冠肺炎疫情暴發以來，世界科研人員爭分奪秒地對其展開調查分析與科學研究。除了研究如何預防和治療新冠肺炎患者之外，研究中的很大一部分問題集中在新型冠狀病毒是如何產生的，它于何時何地首次出現，何時開始在人與人之間傳播，該病毒是否來自蝙蝠，在傳染給人類之前有沒有中間宿主，以及新冠病毒為何能如此快速地在人
Nature－Biotechnology定義病毒基因組標準：何謂高質量基因組
據說，地球上的微生物總量超過了銀河系中的恒星數量，而且病毒總量也要比之前預計的多得多。 在最新的Nature Biotechnology雜志上，美國能源部（DOE）聯合基因組研究所（JGI）構建了重要的病毒序列數據庫，同時提出了病毒基因組標準，指出了三類基因組質量的分級。 目前雖然許多病毒未
Nat－Commun：揭示引發食管癌的基因組突變
近日，來自澳大利亞昆士蘭大學的研究人員通過研究發現，意外的染色體突變或許會誘發食道癌的發生，相關研究發表于國際雜志Nature Communications上。研究者Nic Waddell表示，本文中我們對來自三所布里斯班醫院的22名患食管腺癌(OAC)的進行了全基因組測序研究分析，結果顯示，在
GenomeResearch發表基因組研究新發現基因組
多倫多大學的科學家們發現，作為基因組看門人的C2H2-鋅指蛋白（C2H2-ZF）實際上肩負著更加多樣化的職責。這項發表在Genome Research雜志上的研究，有助于我們更準確地解讀個人基因組。C2H2-ZF有大約七百個成員，是規模最大的一種人類蛋白。然而，人們對這些蛋白一直知之甚少。C2H2-
基因突變的研究歷史
基因突變首先由T.H.摩爾根于1910年在果蠅中發現。H.J.馬勒于1927年、L.J.斯塔德勒于1928年分別用X射線等在果蠅、玉米中最先誘發了突變。1947年C.奧爾巴克首次使用了化學誘變劑,用氮芥誘發了果蠅的突變。1943年S.E.盧里亞和M.德爾布呂克最早在大腸桿菌中證明對噬菌體抗性的出現是
武漢病毒所基因組內16S－rRNA基因差異性研究獲進展
近期，中科院武漢病毒研究所周寧一研究員課題組在基因組內16S rRNA基因的差異性而導致的原核生物多樣性高估研究方面取得重要進展。相關結果發表在10月的微生物學刊物Applied and Environmental Microbiology上，并被本期雜志選為亮點文章(Spotlight
華大在新冠病毒基因組變異監測及研究方法上取得突破
隨著新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）肆虐全球，世界衛生組織（WHO）已經正式宣布其為全球流行病（Pandemic）。WHO最新新冠疫情狀態報告顯示，截至北京時間2020年3月26日10點，新冠肺炎疫情已蔓延至全球198個國家和地區，確診患者超過46萬例，且仍呈現迅速增長態勢。 病毒在傳播過
中國新型冠狀病毒的基因組序列
《自然》雜志2月3日發表了新型冠狀病毒的基因組序列（論文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒樣本系從一名曾在最先爆發疫情的海鮮市場工作過的患者體內分離得到。基因組分析顯示，該病毒與此前在
新冠病毒源自哪里？基因組分析解讀秒懂
研究小組分析了2019年12月至2020年3月間測定的各國患者感染的新冠病毒基因組。結果發現全球新冠病毒分為三個有密切“血緣關系”的不同“變體”，分別標記為“A”、“B”和“C”。 美國和澳大利亞的患者主要感染的是A型病毒，在武漢居住的美國人中也發現了A的變異版本。 武漢甚至整個東亞地區主要
技術方法：如何計算進化生物學的突變率
突變率有多種計算用途，比如，進化生物學家可以基于物種的突變率，預測一個物種首次分化為兩個物種時的“分子鐘”。科學家們還利用這些速率來追蹤流感等病毒的演變速度。癌癥生物學家也可以利用突變率估計腫瘤細胞基因組隨時間變化的速度。 “這是每一個進化模型中必須輸入的參數，”新加坡基因組研究所的博士后Yu
英國研究發現甲型H1N1流感病毒發生輕微基因突變
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2011/1/242714.shtm資深的政府部門科學家已經發現甲型H1N1流感病毒發生的輕微基因突變。 目前科學家正在檢查這些變異是不是導致一些感染患者病情更嚴重的原因。 北京時間1月11日消息，英
李蘭娟團隊最新研究：發現新冠病毒19個致病性的新突變
4月19日，中國工程院院士李蘭娟團隊在預印本平臺medRxiv上發布了未經同行審議的新論文。論文指出，新冠病毒已經出現了能夠切實影響致病性的突變，藥物和疫苗研發工作有必要把這些突變納入考慮。 論文重點結論： 新冠病毒株的變異和多樣性或被大大低估。 不同變異毒株在細胞病變效應和病毒載量方面
通過突變特征分析發現新冠病毒的起源與自然過程相符
目前，與新冠病毒基因組序列最相似是從菊頭蝠分離得到的RaTG13，其與新冠病毒的進化分歧大約發生在50年前。此后，直到疫情暴發前，新冠病毒已經積累了500多個突變。 中國科學院遺傳與發育生物學研究所錢文峰研究組提出一種新的溯源策略——通過鑒定新冠病毒這500多個突變的頻譜特征推測新冠病毒的歷史
Nature發布基因組研究指南
測序人類全基因組比以往任何時候變得更快速、更便宜，使得比較患者與無特定疾病人群基因組一類的研究激增。臨床醫生和從事某種疾病遺傳貢獻研究的研究人員往往會遇到一些似乎與疾病相關的變異，但卻發現另外一些攜帶相同突變的人群并不罹患這種疾病或影響程度較輕。 醫生要怎樣找到真正引起疾病的遺傳變化
CRISPR大規模基因組研究
來自杜克大學的研究人員設計出了一種能快速，方便有效靶向人類基因組任何基因的新方法，這種新工具建立在一種來自細菌的RNA引導酶的基礎上，即CRISPR-Cas RNA引導性核酸酶(RNA-guided nucleases，RGNs)。 這一研究成果公布在7月25日Nature Met
進擊的古基因組研究
? 今年5月，《科學》在線發表了一項中國科學院古脊椎動物與古人類研究所（以下簡稱古脊椎所）領銜的關于華夏族群探源的突破性研究成果，它揭開了有關中國南北方史前人群格局及遷移與混合這一重大學術問題上的若干謎團；兩個月后，該團隊又發布最新發現：通過古基因組研究最新發現距今約1.1萬年的中國南方未知現代人群
The－Scientist：最熱門基因組研究
The Scientist雜志是由科學信息研究所(ISI，現為湯姆森路透科技集團)的創始人Eugene Garfield于1986年創辦的一份雙周刊報紙，后又轉變為一本每月出版的雜志，同時伴有每日更新的在線新聞。主要刊登生命科學相關信息，并幫助科學家分析研究的，以協助決策影響他們的工作生活。
The－Scientist：最熱門基因組研究
The Scientist雜志是由科學信息研究所(ISI，現為湯姆森路透科技集團)的創始人Eugene Garfield于1986年創辦的一份雙周刊報紙，后又轉變為一本每月出版的雜志，同時伴有每日更新的在線新聞。主要刊登生命科學相關信息，并幫助科學家分析研究的，以協助決策影響他們的
The－Scientist：最熱門基因組研究
The Scientist雜志是由科學信息研究所(ISI，現為湯姆森路透科技集團)的創始人Eugene Garfield于1986年創辦的一份雙周刊報紙，后又轉變為一本每月出版的雜志，同時伴有每日更新的在線新聞。主要刊登生命科學相關信息，并幫助科學家分析研究的，以協助決策影響他們的工作生活。
《基因組研究》：首張貓基因組草圖繪就
貓是研究人類失明和艾滋病模型之一，因此測序結果大有用處 一只名為“肉桂”（Cinnamon）的4歲雌性阿比西尼亞貓有幸成為第一只完成基因組測序草圖的貓。它也因此加入了包括狗、小鼠、大鼠以及黑猩猩等在內的基因組“俱樂部”。相關論文11月1日在線發表于《基因組研究》（Genome Research）雜
英國病毒再突變，美國為什么從未報道變異？
英科學家：英國發現的新冠病毒變種再次發生突變 英國旅客等待接受檢測（路透社） 海外網2月2日電據英國廣播公司（BBC）2日報道，英國科學家表示，目前在英國全境蔓延的新冠病毒變種再次發生了令人擔憂的突變。 報道稱，英國科學家進行分析后發現，部分樣本出現了一種名為E484K的突變，這種突變此前
利用454技術解析樣本中病毒耐藥突變情況
H7N9是一種甲型流感病毒，是禽流感病毒的一個亞型，1988年在美國火雞身上有了第一個病毒記錄。H7N9原本屬于低致病性感冒病毒，經基因交換后轉移到人類上感染后成為病發期短、重癥率與死亡率較高的傳染性病毒。自今年3月下旬開始，人類感染甲型流感病毒H7N9的病例陸續在上海及長江三角洲一帶的城市被發現。