如何實現單細胞ATACseq測序？Sanger研究所提出強大新工具
時至今日，我們體內許多細胞類型的工作方式，科學家們依然不清楚，比如對于保護機體不會患上嚴重疾病的免疫細胞。 DNA染色質的內部組織影響了每個細胞的功能，包括基因表達、DNA復制和DNA修復在內的一些基本的細胞過程。很久以前，人們就注意到易接近的染色質標記了一些調控序列，如啟動子、增強子、絕緣子和位點控制區域。這些元件與細胞類型特異性的轉錄因子互作，執行了一些指導細胞命運決定和發育的轉錄程序。 但是要了解“染色質可接近性”并不容易，ATAC-seq可以通過使用高通量測序對染色質可接近性核染色質區域進行分析，然而由于技術問題，在單細胞水平（scATAC-seq）進行的研究很少。 來自Sanger研究院的一組研究人員提出了一種簡單而強大的scATACseq新方法，可以觀測器官和組織內的微小單細胞。 這一研究成果公布在Nature Communications雜志上，由Sanger研究院發Kedar Nath Nataraj......閱讀全文
北大生科院PNAS發布單細胞測序新技術
來自北京大學生命科學學院等處的研究人員發表了題為“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，開發出了一種新型微流控單細胞全轉錄測序新方法，這種方法有效地消除轉錄組高度動態特性所帶來的測量差異，提高單細胞全轉錄組分析的準
Nature子刊：癌癥單細胞測序新技術
只有通過近距離觀看修拉(Seurat)的繪畫，你才能鑒別出點描法背后的復雜性。其在模式中應用了不同的純色小點，從遠處看就形成了一幅圖像。與之相似，生物學家們和遺傳學長期以來也在尋求在單細胞水平上分析基因的圖譜，然而技術局限性使得直到現在也只能在遠處遙望。 發布在7月22日《自然生物技術》(
單細胞研究指南：測序方法大比拼
??多細胞生物的每個細胞都攜帶著相同的遺傳學信息。不過，近年來蓬勃發展的單細胞研究告訴我們，每一個細胞都是獨一無二的。不同類型的細胞激活特定組合的機制，即使是同類型細胞，基因表達也會出現差異。??那么，細胞之間的哪些差異有生物學意義，哪些差異來自于技術偏好呢？要獲得可靠的結果又需要研究多少細胞呢？這
單細胞測序預測化療的有效性
在近一項研究中，來自密歇根大學的Jun Hee Lee博士課題組使用一種單細胞RNA測序的技術，*展示了單個癌細胞群中的各個細胞對化學療法引起的DNA損傷的基因表達差異。他們發現，這些反應可以被分為三類：激控制細胞死亡，細胞分裂或應激反應。相關結果發表在近的《Cell Reports》雜志上。“不同
單細胞RNA測序發現新的免疫細胞
最近在《Nature Immunology》發表的一項新研究，詳細檢測了一組新發現的免疫細胞（被稱為ILC）。通過對單個扁桃體細胞的基因表達進行分析，瑞典卡羅林斯卡學院的科學家們，發現了三個以前未知的ILC子群，并揭示了關于“這些細胞在人體中如何發揮功能”的更多信息。 先天淋巴細胞（ILC）是
計算小RNA分子的單細胞測序新法
最近，卡羅林斯卡學院的研究人員開發出了一種單細胞程序，測量了單個胚胎干細胞中短的非編碼RNA序列的絕對數量。這種新方法可以加深我們對于“基因是如何被調節、不同的細胞類型如何發展”的理解。相關研究結果發表在10月31日的《Nature Biotechnology》。當我們基因中的信息被使用時――例如構
單細胞測序有望揭示胃癌異質性
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514613.shtm
同濟大學發布單細胞測序新技術
單細胞轉錄組和甲基化組分析已經成為了單細胞研究的強大工具。然而，在單細胞中揭示DNA甲基化與基因表達的直接關聯還比較困難。這是因為細胞之間存在較大的差異，又不能同時檢測一個細胞的轉錄組和甲基化組。 加州大學范國平教授和同濟大學薛志剛教授領導團隊解決了這個問題。他們在五月五日的Geno
北大生科院PNAS發布單細胞測序新技術
來自北京大學生命科學學院等處的研究人員發表了題為“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，開發出了一種新型微流控單細胞全轉錄測序新方法，這種方法有效地消除轉錄組高度動態特性所帶來的測量差異，提高單細胞全轉錄組分析的準
PNAS：單細胞測序繪制大腦的細胞圖譜
斯坦福大學的著名學者Stephen Quake及其同事本周在《美國科學院院刊》（PNAS）上發表文章，介紹了人類腦細胞的單細胞轉錄組測序研究成果。 研究小組對近500個成人或胎兒腦細胞進行了單細胞RNA測序。利用這種方法，他們能夠鑒定出大腦中所有主要的細胞類型，并確定神經元的亞型。他們還觀察了
單細胞研究指南：測序方法大比拼
多細胞生物的每個細胞都攜帶著相同的遺傳學信息。不過，近年來蓬勃發展的單細胞研究告訴我們，每一個細胞都是獨一無二的。The Scientist雜志最近聯系了單細胞研究領域的一些專家，請他們分享了在單細胞中進行轉錄研究的秘訣。希望幫助研究者們更好地構建文庫，處理和分析結果數據。 那么，細胞之間的哪
單細胞RNA測序，眾多研究都pick它
多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。 多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究，可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環
當宏基因組遇上單細胞測序
日前，科學家們通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。美國能源部聯合基因組研究所上周的一次會議上，研究者人員向人們展示了在四個溫泉樣本
單細胞多組學高通量測序平臺（一）
一單細胞多組學高通量測序技術簡介通過測序手段檢測細胞多層次信息，如基因組、表觀組、轉錄組甚至蛋白組已經成為生物學研究的重要手段。幾乎一切生命體的活動都圍繞著DNA->RNA->蛋白質的過程，而現有的組學技術也圍繞這一過程獲取信息（如DNA層面的基因序列），從而解讀生物體運行機制，應用于疾病的診斷和治
單細胞多組學高通量測序平臺（二）
雖然single-cell sequencing的方法仍在不斷推出，但是目前使用最為廣泛、商業化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系統。1.2以RNA-seq為例介紹高通量單細胞測序技術單細胞測序的最主要難點是如何在短時間內分離得到最可能多的單個細胞，早期的技術代表F
單細胞測序的主要步驟和特點介紹
單細胞測序的興起，不僅是新概念炒作，而是在相關領域，長時間由于技術的瓶頸很多生物學問題沒有解決，現在突然有一個技術可以高性價比地解決這些問題，導致這個技術被大量應用。 以單細胞轉錄組測序技術為例開展探討，單細胞轉錄組主要包括以下四個步驟，其中關鍵的一點就是如何進行單細胞的捕獲/分選，這是決定單細胞
單細胞測序技術(single－cell－sequencing)－綜述（一）
單細胞生物學最近幾年是非常熱門的研究方向。在這一領域中，最前沿的則是單細胞測序技術。傳統測序方法一次處理成千上萬個細胞，得到的變異水平也是成千上萬個細胞的平均后水平。但是，就如同世界上沒有完全相同的兩片樹葉一樣，沒有兩個細胞是完全相同的。所以，單細胞測序對于研究單個細胞就顯得至關重要。單細胞測序可以
單細胞測序的核心優勢及產品特點
單細胞測序技術被廣泛應用于基礎科研和臨床研究。單細胞在許多領域都占有一席之地，對于癌癥早期的診斷、追蹤以及個體化治療具有重要意義。 初次聽說細胞測序技術，又是什么噱頭？如果細胞測序就能測一個細胞或幾個細胞的話，這有什么意義？特別是對異質性高的腫瘤組織來講，測一個細胞能代表什么？ 無論是蠕蟲，藍
單細胞測序技術(single－cell－sequencing)－綜述（二）
DroNC-seq10月，Broad研究所張鋒教授團隊在Nature Methods上發表題為“Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq with DroNc-Seq (doi: 10.1038/nmeth.4407)” 的文章，提出了一個新的測
單細胞研究指南：測序方法大比拼
多細胞生物的每個細胞都攜帶著相同的遺傳學信息。不過，近年來蓬勃發展的單細胞研究告訴我們，每一個細胞都是獨一無二的。不同類型的細胞激活特定組合的機制，即使是同類型細胞，基因表達也會出現差異。 那么，細胞之間的哪些差異有生物學意義，哪些差異來自于技術偏好呢？要獲得可靠的結果又需要研究多少細胞呢？這
藝高人膽大！相當“囂張”的測序技術——單細胞器測序
線粒體疾病如何診斷和治療？（運用成熟的單線粒體分離技術在顯微鏡下挑取單個小鼠線粒體。） 賓夕法尼亞大學醫學院James Eberwine領導的研究小組剛開發了一種適用于單個線粒體的分離和測序技術“單線粒體測序（single-mitochondrion sequencing）”利用這種新方法他們
對瘧原蟲的單細胞基因組測序
美國圣安東尼奧，2014年5月8日——美國德克薩斯生物醫學研究所的科研人員和他們的同事開發出了一種分離單個瘧原蟲細胞然后對其基因組測序的新方法。這一進展將讓科學家能夠改進他們識別病人感染的多種類型的瘧原蟲的能力，而且還可帶來最佳的經設計的藥物何疫苗以應對這種主要的全球性殺手。瘧疾仍然是全世界最致
謝曉亮院士Science單細胞測序新技術
人類、草莓、蜜蜂、雞和大鼠等許多生物體都已經進行過DNA測序。如果說測序個別物種具有挑戰性，那么測序單個細胞的DNA無疑更難。 為了獲得足夠的DNA進行測序，通常需要數以千計或甚至數以百萬計的細胞。而找出哪種突變存在于哪種細胞中幾乎是不可能的，只存在于少數細胞(如早期癌細胞)中的突變也基本
單細胞DNA測序揭示微生物“暗物質”
據《自然》雜志網站7月14日(北京時間7月15日)報道，天文學家們認為，宇宙總物質量的23%由彌漫于其間且肉眼看不見的“暗物質”組成;現在，美國科學家進行了微生物“暗物質”研究，他們用單細胞DNA測序技術對多種微生物的基因組進行測序后發現，微生物遠比我們所知道的要豐富多樣，研究同時揭示了不同物種
更便宜、更全面的單細胞RNA測序技術
康奈爾大學生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不僅推動了單細胞基因組學發展，而且為感染和免疫生物學研究提供了一條新途徑。這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
著名學者Nature綜述：單細胞測序之現狀
每個細胞都是獨一無二的，但我們的研究對象往往是細胞群體，忽略了這些細胞之間的異質性。正因如此，單細胞基因組學研究受到了越來越多的關注。 單細胞基因組學領域近年來發展得非常迅速，為人們揭示了復雜生物學體系的許多重要線索，包括微生物群落的生態多樣性和人類癌癥的基因組。一月二十五日Nature Re
－著名學者Nature綜述：單細胞測序之現狀
每個細胞都是獨一無二的，但我們的研究對象往往是細胞群體，忽略了這些細胞之間的異質性。正因如此，單細胞基因組學研究受到了越來越多的關注。 單細胞基因組學領域近年來發展得非常迅速，為人們揭示了復雜生物學體系的許多重要線索，包括微生物群落的生態多樣性和人類癌癥的基因組。一月二十五日Nature Re
單細胞測序這樣的高通量技術的優勢
單細胞全基因組測序主要應用于腫瘤發生機制及胚胎發育研究。單細胞轉錄組分析可以在全基因組范圍內挖掘基因調節網絡，尤其適用于存在高度異質性的干細胞及胚胎發育早期的細胞群體。2017年6月16日，北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬課題組在《Cell Research》雜志在線發表了題為“Sin
單細胞測序，解密小RNA分子的未知功能
隨著科研人員對各種遺傳疾病和癌癥的深入挖掘，單細胞基因組方法捕獲的信息變得越來越重要。卡羅林斯卡學院（ Karolinska Institute）的研究人員近日公布了一種新方法，這種方法可以讀取個體胚胎干細胞中短的、非編碼RNA序列，有助于人們更好地理解基因如何調控不同細胞類型的發展。相關結
單細胞測序技術“遍地開花”，精準醫療“如虎添翼”！
作者：Carrie? 單細胞測序技術 基因測序在體外診斷市場中的重要性日益突出。其中，單細胞測序技術自2009年問世，2013年被Nature Methods評為年度技術以來，越來越多地被應用在科研領域。2015年以來，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-