2. 電泳分析
(1) 用50mM NaCl, 1mM EDTA制備1.4%的堿性瓊脂糖電泳, 并置堿性電泳緩沖液中30分鐘。
(2) 取樣品液, 用TE調整體積, 使第一鏈和第二鏈產率測定液的體積相同,加入等體積的2×樣品緩沖液(20mmol/L NaOH, 20%甘油,0.025%溴粉蘭)。
(3) 加樣,電泳到染料距前沿線只剩膠長度的1/3處,電泳緩沖液為30mmol/L NaOH, 1mmol/L EDTA。
(4) 將膠浸入7% TCA中,室溫放置30分鐘(直至染料由藍色變至黃色),取出置濾紙上,干燥數小時。
(5) 用保鮮膜包裹干燥的膠,室溫壓X光片(用增感屏時-70℃壓片)。
二、其它cDNA合成技術
除Riboclone
M-MLV(H-)cDNA合成技術外,Promega公司還提供有多個AMV合成試劑盒,不同試劑盒所提供的引物或引物一延接頭(Primpr-
Adaptor)不同,有oligo(dT)15 引物、隨機引物、XbaⅠ引物-延接頭、NotⅠ引物-延接頭等,其余試劑一樣,這些系統包括:
20mg 引物
20ml 5×第一鏈緩沖液, 配方如下:
250mmol/L Tris·Cl,pH8.3(42℃);250mmol/L KCl;50mmol/L
MgCl2; 2.5mmol/L 亞精胺(Spermidine); 50mmol/L DTT;
20mmol/L dATP, dCTP,dGTP,dTTP(各5mmol/L)。
50ml 40mM焦碳酸鈉
625m rRNasin RNA酶抑制劑
600m AMV反轉錄酶
5mg 1.2kb對照RNA
200ml 10×第二鏈緩沖液,配方如下:
400mmol/L Tris·Cl,pH7.2; 900mmol/L KCl; 30mmol/L
MgCl2; 30mmol/L DTT; 0.5mg/ml BSA。
2m E.Coli RNaseH
500m E.ColiDNA PolymeraseⅠ
100m T4 DNA PolymeraseⅠ
1.5ml 不含核酸酶的水
以上所有試劑除對照RNA需在-70℃保存外,其余均可保存于-20℃,可以合成40mgmRNA。
(一)第一鏈合成
下面介紹的是25ml體積反應系統,該系統可合成多至2mgmRNA,每增加1mg mRNA,需增加反應體積10ml,如5mg mRNA需55ml反應體積。
引物或引物-延接頭和反轉錄酶與mRNA的比例應分別保持為0.5mg/mg(對NotⅠ引物-延接頭為0.3mg/mg)和15m/mg.
1、試劑:
[a-32P]dCTP(>400ci/mmol),EDTA(50mM和200mM),TE飽和酶/氯仿,7.5mM NH4Ac,100%和70%乙醇,TE緩沖液(10mM Tris·Cl,pH8.0,1mm EDTA)。
2、操作步驟:
(1)取一滅菌的無RNA酶的eppendorf管加入的RNA樣品,及引物或引物-延接頭,用H2O調節0.5mg引物 /mg
mRNA(或0.3mg NotⅠ引物-延接頭/mg
mRNA)的體積至15ml,70℃加熱5分鐘,待冷至室溫,離心數秒鐘使溶液集中在管底,然后依次加入:
5×第一鏈緩沖液 5ml
rRNasinR RNA酶抑制劑 25ml
40mM焦碳酸鈉2.5ml
AMV反轉錄酶 15m/mg RNA
加無水RNA酶水至總體積25ml
在加入焦碳酸鈉和AMV反轉錄酶前,需將反應液42℃溫浴5分鐘,以阻止焦碳酸鈉沉淀。焦碳酸鈉主要用于抑止第一鏈形成發夾結構。
(2)輕彈eppendorf管,取出5ml至另一加于2-5m[a-32P]dCTP c>400ci/mmol)(其體積不能超過1ml),用以第一鏈同位素摻入放射性活性測定。
(3)42℃溫浴1小時。
(4)取出置冰上。
(5)摻入測定的eppendorf管加入50mM EDTA,終止反應,并使總體積為100ml。可取90ml進行電泳分析,另10ml進行同位素摻入測定。
(6)第一鏈合成離心管可直接用于第二鏈合成。
(二)第二鏈合成
第二鏈合成可在第一鏈合成反應液中直接進行。