基因工程初始階段所用的方法，已不用。利用核酸雙螺旋之間存在著堿基G C，A T配對特性，分離目的基因。
例如：海膽rDNA分子內其G C含量可以達63%（其穩定性高，溶解溫度高），通過熱變性和S1酶解處理可得到提純50倍的rDNA，最后經氯化銫平衡梯度離心，得到相對分子量為1.9X107Dal的高純rDNA。
從基因文庫中分離目的基因
