二.mRNA的分離
1.Oligotex mRNA Kits (QIAGEN)法
準備工作:
1.將Oligotex Suspension 置于37℃水浴中,旋轉混勻,溶解 Oligotex.,然后置于室溫。
2.將OBB Buffer置于37℃水浴中,旋轉混勻,重溶沉淀物,然后置于室溫。
3.將 OEB Buffer 置于70℃水浴中,待用。
試驗步驟:
表3:加入試劑量據此表
Total RNA | RNase-free Water to: | Buffer OBB(ul) | Oligotex | Prep size |
<=0.25mg | 250ul | 250ul | 15 | Mini |
0.25-0.5mg | 500ul | 500ul | 30 | Midi |
0.5-0.75mg | 500ul | 500ul | 45 | Midi |
0.75-1.00mg | 500ul | 500ul | 55 | Midi |
1.TotalRNA量不要多于1mg ,用移液器取出所需RNA量到1.5ml離心管中,加RNase-freewater補足到500ul
2. 根據表3加入適當體積的OBBBuffer和OligotexSuspension,輕彈1.5ml離心管徹底混勻
3.置于70℃水浴中 3min
4.取出置于室溫(20℃-30℃)10min
5.13000rpm室溫離心2min,用移液器吸出上清到一個新的1.5ml離心管中,保留上清直到polyA被結合上。
6.用移液器取400ulOW2Buffer混勻沉淀物,將混合物轉移到SpinColumn 中,RT,13000rpm,離心1min
7.將SpinColumn轉移到一個新的1.5ml離心管中,加 400ulOW2,RT,13000rpm,離心1min
8.將SpinColumn轉移到一個新的1.5ml管中,取出 25ulOERBuffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次樹脂,室溫13000rpm,離心1min。
9.取出 25ulOERBuffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次樹脂,室溫13000rpm,離心1min。
10.測OD,并電泳定量。
2.磁珠法分離mRNA
1.在RNase-free的Eppendorf管中加入0.1~1.0mg 的總RNA和RNase-free水至終體積為500ul.
2.65oC加熱10分鐘。
3.加入3ul生物素標記的 Oligo(dT)和13ul20×SSC于RNA中,輕輕混合,室溫放置逐漸冷去至室溫,一般需10分鐘左右。
4.同時配 0.5×SSC1.2ml和0.1×SSC1.4ml.
5.將磁珠(SA-PMPs)輕晃散開,放入磁性分離架上,使SA-PMPs集中于管的一側(約30sec),小心去上清,切不可離心。用0.3ml0.5×ssc漂洗SA-PMPs,用磁性分離架集中磁珠,去除上清,重復3次。
6. 將漂洗后的SA-PMPs重新懸浮于0.1ml0.5Xssc,注意漂洗后的SA-PMPs應在30分鐘內使用。
7.將(3)中的 oligo(dT)/mRNA退火反應物全部加入含漂洗好的SA—PMPs管中,輕輕搖勻,室溫下放10分鐘。
8.用磁性分離架捕獲SA- PMPs,小心去上清,但不要棄去。
9.用0.1×SSC,每次0.3ml洗3次,每次都晃至SA-PMPs懸浮,最后一次漂洗后盡可能多的吸取水相,而不損壞SA-PMPs.
10.將SA-PMPs重新懸浮在0.1mlRNase-free水中,反復顛倒,使SA-PMPs散開,洗脫mRNA。
11.用磁性分離架捕獲SA-PMPs,將洗脫的mRNA吸入另一個新的Eppendorf管中。
12.將SA- PMPs再懸浮于0.15mlRNase-free的水中,洗脫,與(11)步洗脫液合并。
13.將得到的mRNA溶液取幾微升跑電泳,若 mRNA濃度不足以進行下一步的反轉錄,則需將得到的mRNA溶液濃縮(濃縮步驟見14-18)。
14.加0.1體積的3mol/lNaAc和 1.0體積的異丙醇于洗脫液中,-20oC沉淀過夜。
15.4oC,13000g離心60分鐘。去上清,加入500ul70%乙醇混勻。
16.4oC,7500g 離心10分鐘。
17.去上清,真空或空氣中自然風干,但不要太干,加適量RNase-free水溶解。
18.重復步驟5-12,將步驟8保留下的樣品重新上柱
注意事項:
1.所有操作均需要嚴格戴手套,戴口罩進行
2.如果totalRNA質量高,雜質少,就選擇Oligotex的方法分離mRNA,相反則可以用磁珠法。
3.mRNA的電泳圖是smear.