實驗方法原理 可用瓊脂糖酶消化的方法從低熔點瓊脂糖凝膠中回收 DNA ( Bumeister and lehrach 1989)。在這種方法中，瓊脂糖酶使瓊脂糖多聚體水解為雙糖。這樣獲得的 DNA 再經酚抽提、乙醇沉淀進行純化。由于該法較為溫和，因此特別適用從脈沖場瓊脂糖凝膠中 回收高分子質量的 DNA，從恒強電場瓊脂糖凝膠中回收小分子 DNA 也同樣有效。
實驗材料 瓊脂糖酶DNA 樣品
試劑、試劑盒 乙醇溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液凝膠平衡緩沖液Bis Tris-ClEDTANaCl平衡酚TE儀器、耗材 煮沸過的透析袋微透析裝置紫外燈水浴
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和瑢液
乙醇
溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液
凝膠平衡緩沖液（10 mmol/L Bis Tris-Cl ( pH 6.5)，5 mmol/L EDTA ( pH 8.0)，0.1 mol/L NaCl）
NaCl ( 5 mol/L)
平衡酚（pH 8.0)
TE ( pH 8.0)
2. 酶及緩沖液
瓊脂糖酶
3. 核酸和寡核苷酸
DNA 樣品
4. 專用設備
煮沸過的透析袋
微透析裝置（Life Technologies）
手提式長波（302 nm) 紫外燈
預置溫度 40℃ 和 65℃ 的水浴
二、方法
1. 制備低熔點瓊脂糖凝膠，上樣并電泳。
2. 從瓊脂糖凝膠上切下含目的 DNA 的條帶，轉移至微量離心管內，加入 20 倍體積的凝膠平衡緩沖液，室溫靜置 30 min。
3. 拍攝切除目的 DNA 條帶的凝膠，以記錄被切下的 DNA 條帶。
4. 將凝膠切片轉移至另一約含等體積凝膠平衡緩沖液的新微量離心管中。
5. 65℃ 溫育 10 min, 使凝膠切片熔化。冷卻至 40℃，加入無 DNA 酶的瓊脂糖酶，每 200 μl 凝膠加入 1~2 單位。40℃ 溫育 1 h。
在此期間，瓊脂糖被切為寡糖或雙糖。如需要，此時的 DNA 溶液可直接用來進行連接、酶切以及轉化等實驗。
6. DNA 的純化和濃縮
(1) 純化小片段 DNA ( <20kb）
① 用平衡酚抽取 DNA 溶液兩次。
② 第二次酚抽取完畢，將水相轉移至另一新管中，加入 2 倍體積的 TE (pH 8.0)。
③ 加入 0.05 倍體積 5 mol/L 的 NaCl，隨后加入 2 倍體積的乙醇（這里的體積指步驟 6 ② 中的 DNA 終體積）。置 0℃ 預冷 15 min, 微量離心機 4℃ 以最大轉速離心 15 min 收集沉淀。
④ 小心地吸出乙醇，加入 0.5 ml 處于室溫的 70% 乙醇。混合均勻，按步驟 ③ 所述離心。
⑤ 吸去上清，打開離心管。置于操作臺上數分鐘，揮發去除殘留乙醇。將 DNA 溶于適當體積的 TE ( pH 8.0)中。
(2) 純化大片段 DNA (>20kb)
① 將瓊脂糖酶消化過的樣品移至一透析袋中，扎好或封好后將透析袋放在含 100 ml TE ( pH 8.0 ) 的燒杯或三角瓶中。
② 4℃ 透析樣品數小時。