第三屆全國生物質譜學術交流會圓滿閉幕

　　2009年5月16日下午，為期兩天的蛋白質組數據處理暨第三屆全國生物質譜學術交流會在云南麗江綠韻假日飯店落下帷幕。大會閉幕式之前，多位著名海內外專家學者繼續給出了精彩的大會報告。

Prof. Ping Peipei, University of California Los Angeles, USA

報告: Advancing Cardiovascular Biology and Medicine via Proteomics

中國科學院計算技術研究所 賀思敏研究員

　　來自中國科學院計算技術研究所的賀思敏研究員為大家帶來了題為《蛋白質組學數據分析軟件pFind系統新進展》的報告。據賀老師介紹，pFind系統是中國科學院計算技術研究所自2002年開始持續研發的蛋白質組數據分析軟件，可以替代同類國際主流軟件，已安裝在國內多家蛋白質組學重點研究單位，并在ABRF組織的國際評測以及核心巖藻糖化修飾位點鑒定等科研實戰中表現出色。

　　報告中，賀老師首先介紹了pFind系統不同于國際同類軟件的核心算法設計和系統實現，然后介紹了pFind系統近期在開放式修飾類型發現、高精度一級質譜分析、新型碎裂方式串聯質譜分析、肽序列從頭測序、標記定量分析以及并行加速系統研制等方面的進展。

浙江大學生物醫學工程與儀器科學學院 段會龍教授

　　來自浙江大學生物醫學工程與儀器科學學院的段會龍教授介紹了題為《構建心血管蛋白質組生物醫學數據庫及分析平臺》的報告。依據當前心血管蛋白質組質譜數據分析所面臨的問題，段教授所在課題組構建了一套主題明確、內容集中、低冗余度、具備專有搜索引擎以及良好的用戶交互性的心血管生物醫學數據庫。分別對心血管蛋白質組數據集成、心血管蛋白質組數據處理和分析、生物質譜譜圖檢索和識別以及心血管蛋白組數據庫平臺這四個方面展開研究。

安捷倫科技有限公司 陳偉博士

　　安捷倫公司的陳偉博士主要向大家介紹了針對蛋白質組學分析，安捷倫公司所提供的從樣品前處理到儀器分析、數據處理到系統生物學解釋的一體化解決方案。陳博士尤其指出，將在2010年ASMS上推出的Mass Profiler Professional是專為質譜數據設計的動態的化學計量學軟件包。具有先進的數據處理功能，可以分析多個質譜數據類型的統計學和數學模型，該軟件可以讓分析人員輕松的找到并鑒定出代謝組學、蛋白組學和其他分析應用的樣品組之間的明顯差異。

　　陳博士還指出，MassHunter工作站集成的Spectrum Mill軟件可以使分析人員通過快速的數據庫檢索進行蛋白質和多肽的快速鑒定，而且還可以進行手動和自動的匹配確認分析。該軟件具有出色的直觀分析和報告功能，可支持無標記和穩定同位素標記的定量分析。

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朱云平研究員 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所

題目：蛋白質/翻譯后修飾鑒定的數據質量控制

孫瑞祥副研究員 中國科學院計算技術研究所

題目：電子轉運裂解(ETD)質譜的特征發現及其在pFind搜索引擎中的利用

　　國防科技大學機電工程與自動化學院 謝紅衛教授

　　來自國防科技大學機電工程與自動化學院的謝教授在題為《蛋白質組學中質譜數據定量分析方法研究》的研究報告中指出，其所在研究組利用一系列大規模定量分析的數據集，包括穩定同位素標記和進行重復實驗的無標記定量數據，進行了一系列分析和研究，主要取得的認識和結果包括：(1)總結了無標記和穩定同位素標記定量數據分析的典型流程，并且結合實際的數據分析結果，初步研究了各種分析流程優勢和問題；(2)利用實際實驗數據，初步研究了同位素分布實驗誤差和質荷比誤差等對定量分析參數選擇有重要影響的問題；(3)針對定量計算速度慢的問題，提出了索引文件和基于hash表的信息檢索方式，將定量計算的時間縮短為原來的1/10；(4)設計了一種可逆的色譜保留時間對齊模型，大大縮短了無標記定量數據處理中色譜保留時間對齊的計算復雜度；(5)提出了一種以信號強度為參量的差異分布模型，能夠提高差異檢驗的靈敏度；(6)開發了無標記定量軟件LFQuant、標記定量軟件SILVER，已經無鑒定定量分析工具XICFinder。其中SILVER能夠支持自定義標記方法，提供了圖形化界面。LFQuant速度和定量精度等性能經過了多次優化。

中國科學院大連化學物理研究所 葉明亮研究員

　　來自中國中國科學院大連化學物理研究所的葉明亮研究員主要介紹了有關《多層次蛋白質磷酸化分析中的數據處理新方法的研究》的報告，分別從組學層次、節點層次和網絡層析這三個方面介紹了蛋白質磷酸化分析的數據處理方法。

　　在節點蛋白質的磷酸化分析方面，葉老師所在研究組發展了一種基于改進的目標-偽數據庫用于數據檢索，來高覆蓋率、高可靠鑒定簡單蛋白樣品中的磷酸化位點信息的方法。這種改良的數據庫的一個重要優點是比常用的蛋白組數據庫小很多，對于用低特異性酶切產生的肽段的多級質譜圖，可以十分有效的縮短搜索數據庫的時間。

　　在組學層次上，針對磷酸化蛋白質組學中磷酸化肽段鑒定難，假陽性率高，主要依賴于人工驗證的現狀，發展了一種結合MS²和MS³圖譜以及正偽數據庫檢索的自動磷酸化肽段鑒定方法。利用這種方法，結合磷酸肽的多維分析已經可以從人肝組織中鑒定超過8000個磷酸化位點。

　　在網絡層次主要是揭示激酶與底物蛋白質上磷酸化位點的對應關系，是我們今后研究的一個重要方向，目前已經在與合作者利用生物信息學的方法模擬構建磷酸化網絡圖。

謝鷺研究員 上海生物信息技術研究中心

題目：重構磷酸化介導的細胞信號傳遞網絡

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廈門大學化學系 杭緯教授

　　來自廈門大學化學系的杭緯教授教授為大家帶來了題為《ESI-FTMS、Q-TOF及MALDI-TOF用于代謝組學DIMS的比較》的報告。在LC-MS分析中，LC占據了大量的分析時間，成為高通量分析的瓶頸，因此，許多分析人員開始采用直接進樣質譜技術(DIMS)進行代謝組學的分析。在DIMS技術中，由于復雜基體的影響，勢必造成低豐度、難揮發或難電離成分無法在譜圖中顯現，因此，如何避免基體影響成為DIMS的一個重要研究內容。此外，隨著無基體MALDI技術的發展 ，MALDI儀器用于代謝成分的檢測成為可能。杭教授基于上述問題，使用腎癌病人與正常人的血清樣品具體比較了LC-MS與DIMS技術在代謝組學研究中的結果；并比較了ESI-FTMS、Q-TOF及MALDI-TOF用于代謝組學DIMS的結果，對代謝組學的MS技術進行了較為全面的研究，并指出了對于各個不同層面的研究所應采用的檢測技術。

北京蛋白質組研究中心 徐平研究員

題目：定量蛋白質組學技術解析泛素化蛋白和泛素鏈

田亞平教授 中國人民解放軍總醫院

題目：生物質譜技術在惡性腫瘤輔助診斷中的應用

復旦大學附屬中山醫院肝癌研究所 劉銀坤教授

　　來自復旦大學附屬中山醫院肝癌研究所的劉銀坤教授帶來了題為《肝癌抗失巢凋亡相關的酪氨酸磷酸化蛋白分析及在轉移中的意義》報告。為了尋找與肝癌細胞和失巢凋亡密切相關的酪氨酸磷酸化蛋白，劉教授所在研究組主要探討了肝癌失巢凋亡的信號機制和肝癌的治療靶點，研究內容包括對肝癌細胞失巢凋亡相關的酪氨酸磷酸化蛋白質組分析和FER在肝癌細胞失巢凋亡中的能研究。

　　劉教授通過研究指出，FER能通過影響肝癌細胞的粘附、運動和侵襲功能呢個參與肝癌失巢凋亡抵抗過程的調節；FER對肝癌細胞的粘附、運動和侵襲呈現雙向調節作用，過高或過低均能抑制這些功能的發生；FER對細胞骨架重排和細胞運動的調節可能不僅僅依賴其激酶活性，還依賴自身分子中功能結構介導的作用。

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沃特世科技(上海)有限公司 王灼維博士

　　來自沃特世科技(上海)有限公司的王灼維博士帶來了題為《高清質譜SYNAPT G2 HDMS在蛋白質組學中的應用》報告。王博士首先向大家介紹了SYNAPT G2 HDMS質譜分析系統，這是Waters公司的第二代基于高效離子淌度(Ion mobility)測量和分離技術的高性能四極桿-飛行時間質譜儀，該系統提供新一維的離子淌度分離技術，不僅能按質荷比不同將離子分離，同時可以根據離子的大小、形狀、電荷等將其分離。具備超過40,000 半峰全寬(FWHM)的分辨率、一流的靈敏度、每秒20光譜的數據采集率、精確質譜(1 ppm RMS)信息以及量值多達5個數量級的動態范圍。從而從原有樣品中能夠獲取更多的未知信息，并且提高數據特異性。

　　當UPLC與SYNAPT G2 HDMS聯用時，則可以得到保留時間(RT)、質荷比(m/z)、峰強度(Intensity)、遷移時間(Drift time)等的四維分離體系。并且通過UPLC/MS^E技術，實現兩種快速切換的功能采集MS數據；第一步是低能量質譜圖， 第二步是提高碰撞能量的子離子質譜圖(稱為MS^E)。最終結果數據包含所有測量到的母離子和子離子的完整的時間解析記錄。母離子和子離子的相關性取決于保留時間排列和峰型，即使是不合理的肽段和重合離子團也可成功處理。

中國科學院上海有機化學研究所 郭寅龍研究員

　　來自中國科學院上海有機化學研究所的郭寅龍研究員向大家介紹了有關《生物小分子化合物的質譜學研究》報告。郭老師在報告中例舉了多種分析生物小分子的質譜技術，如采用HS-LPME(頂空液滴萃取技術)與MALDI-FTMS聯用分析煙草中的揮發性堿性成分、采用LPME/MALDI-FTMS用于單口煙氣中煙堿的定量分析、DEMESD(單液滴衍生化萃取技術)/MALDI-FTMS用于單口煙氣中小分子醛的定量分析、衍生化氣相色譜-質譜法測定硼酸含量、解吸質電噴霧技術以及激光解吸技術分析生物小分子化合物等。最后，郭老師以一句“從masses中來，到masses中去，要相信masses，要依靠masses”的經典毛主席語錄結束了報告內容，給與會者留下了非常深刻的印象。

中國科學院長春應用化學研究所 劉志強研究員

　　中國科學院長春應用化學研究所的劉志強研究員介紹了有關《傳統中藥中活性成分篩選的脈沖超濾質譜研究》的報告。劉老師首先指出，脈沖超濾質譜的優勢還在于，目標受體可以重復利用，易于實現聯用，具備高通量篩選的特點。同時FT-ICR MS能夠提供精確的分子量信息，使得HPLC-MS數據的解析大大簡化。其所在課題組在研究中主要選取了與2型糖尿病相關的α-葡萄糖苷酶和與痛風相關的黃嘌呤氧化酶為靶點，利用超濾質譜技術對中藥單體化合物、中藥提取物和中藥復方中潛在的這兩種酶的抑制劑進行了篩選。

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中國科學院化學研究所 汪福意研究員

　　來自中國科學院化學研究所的汪福意研究員帶來了題為《老藥新說：抗腫瘤藥物順鉑與血清白蛋白的結合位點》的研究報告。汪老師所在研究組發展和建立了一種基于MS/MS的Bottom-up蛋白質組學質譜分析方法，研究了臨床上使用最為廣泛的金屬抗腫瘤藥物順鉑與血清白蛋白的相互作用，鑒定了順鉑與血清白蛋白的結合位點。研究表明應用LC-MS/MS鑒定出順鉑能與HSA表面的氨基酸殘基 Met298、His67、His128和 His247配位，形成蛋白復合物。并首次鑒定出一種順鉑與相鄰a-螺旋上的His67和His247殘基形成的鏈間交聯產物，而這兩個組氨酸殘基正是HSA與Zn的結合位點。這一發現表明，臨床上順鉑的長期使用可能干擾人體內微量元素Zn通過HSA結合而進行的攝入和轉運，從而導致鋅缺乏癥相關的毒副作用。

王秋雨教授 遼寧大學生命科學院

題目：東北林蛙皮抗菌肽及其生物學特性

王賢純教授 湖南師范大學生命科學學院

題目：利用生物質譜評估酸不溶性去污劑在膜蛋白質組分析中的應用

北京蛋白質組研究中心 魏開華研究員

　　來自北京蛋白質組研究中心的魏開華研究員向大家介紹了有關《大鼠血-腦脊液屏障的多肽組表達譜及序列特征分析》的報告。魏教授指出該研究綜合運用MALDI-TOF/TOF和LC-MS/MS液質聯用系統研究了成年SD大鼠血-腦脊液屏障(即脈絡叢組織 CP)中的多肽組。結果共鑒定到的163個多肽(p<0.001)，這些多肽為69種蛋白質的降解肽段，其中ATP合酶(ATP synthase)，細胞色素C(cytochrome c)，血紅蛋白(hemoglobin)，NADH-輔酶Q氧化還原酶(NADH-ubiquinone oxidoreductase)，β-珠蛋白(beta-globin)這5種蛋白質的肽段占總肽段數的50%以上，這些前體蛋白質的分子量多數分布在10 kD至20 kD之間。

　　對這些多肽的序列進行特征分析，發現其中有107個多肽為階梯狀降解片段，占總肽段數的65.6%，這與血清多肽的分布特征相似。對這些多肽的氨基酸組成分析，發現酸性、堿性和疏水性氨基酸分別占階梯序列肽段的總氨基酸數的11%、35%和54%，而且N-端階梯剪切和C-端階梯剪切有相同規律，此規律與階梯剪切位點末端氨基酸類型分布一致。

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　　精彩的學術報告后，大會舉行了簡短的閉幕儀式。北京蛋白質組學研究中心錢小紅研究員，復旦大學楊芃原教授，美國加州大學心血管研究中心Ping Peipei教授出席了本次大會閉幕式。

　　出席閉幕式的領導及嘉賓從左至右依次為：錢小紅研究員、楊芃凡教授、Ping Peipei教授

北京蛋白質組學研究中心 錢小紅研究員

　　北京蛋白質組學研究中心錢小紅研究員對本屆研討會進行了總結并致閉幕詞。錢教授首先代表大會組委會、學術委員會和大會秘書處對大家的積極參與和大力支持再次表示衷心的感謝。本屆大會共收到學術論文119篇，大會期間來自國內外75家科研院所、醫院、公司等200余名代表通過特邀報告、大會報告、會議報告以及企業展覽等多種形式圍繞蛋白質組數據處理，生物質譜等領域的前沿技術和熱點問題展開了廣泛的交流和深入的探討。

　　在正式大會之前，針對目前生物質譜的新技術和新方法組織了專題技術培訓班，來自全國33個科研院所的50余名學員參加了此次培訓。會議期間，張玉奎院士、Hisashi Narimatsu教授、Ping Peipei教授和31位海內外著名專家、教授就生物質譜及蛋白質組學數據處理的熱點與難點問題進行了精彩的大會報告。本屆大會得到了安捷倫公司、AB公司、Waters公司、賽默飛世爾科技等8家國內外著名廠商、公司的支持和贊助，并參加了同期舉行的展覽。本屆大會的成功舉辦離不開北京蛋白質組研究中心、復旦大學、蛋白質組學國家重點實驗室的不懈努力。最后，錢教授向大家宣布2011年4月22日~25日期間，將在杭州舉辦第七屆中國蛋白質組學大會，邀請全體與會代表屆時參加。

大會組委員成員合影