cruzi 原蟲的感染過程是一漫長的病理改變。感染多年后可累及心臟引發心肌炎、累及肝、脾造成肝、脾腫大等損害，也可因累及食管及結腸等臟器，使食管、結腸等器官的腸肌叢神經節細胞(Auerbach’s plexus)發生去神經支配，使自主神經功能紊亂，引起消化道運動功能紊亂及管腔擴張。Chagas 病侵犯食管造成食管運動功能紊亂及管腔擴張謂之Chagas 食管病。約有10%～24%的慢性Chagas 病人發現有食管異常。此外，有家族性自主神經機能異常、淀粉樣變及吸毒者中亦可見到有巨食管的發生。
Sterin-Borda 等(2000)的研究表明，Chagas 病病人體循環中存在一系列神經遞質受體(neurotransmitter receptor)的自身抗體(autoantibody)，這些抗體主要通過阻斷β2 腎上腺素受體和M2 膽堿能受體而影響細胞內的信號轉導，引起機體靶器官(主要為心臟和消化道腸肌叢的交感和副交感神經叢)的損害。Ny等(1999)則指出腸道微環境中一氧化氮系統的改變在Chagas 病人胃腸道發病過程中起到重要作用。