（1）標本的抗酸染色 眼內液、痰液、尿、淋巴結活檢等標本的抗酸染色，可以快速得到結果，但特異性和敏感性均較低。如果發現眼內液中有抗酸桿菌對診斷仍有重要幫助。
（2）結核菌素皮膚試驗 患者如何進行結核菌素試驗（PPD試驗）及如何對皮試結果進行正確判斷均是診斷中應考慮的問題。
（3）結核分枝桿菌培養 目前可通過監測分枝桿菌代謝特異性放射性物質所產生的放射性CO2，來測定分枝桿菌，此方法可使測定時間縮短至9天。
（4）結核分枝桿菌的核酸擴增 房水和玻璃體標本可用核酸擴增技術進行檢測。通常有以下兩種技術：一種為轉錄介導的擴增技術，以結核分枝桿菌rRNA序列為目的基因；另一種為聚合酶鏈式反應（PCR）技術，以結核分枝桿菌的DNA序列為目的基因。兩種擴增技術聯合抗酸染色檢查有較高的特異性和敏感性。值得注意的是在進行核酸擴增檢查時，應注意避免假陽性結果。
（5）組織學檢查 對病變部位所取標本進行組織學檢查，發現郎格漢斯（Langerhans）巨細胞、干酪樣壞死等病變，對診斷有幫助。