松果體來源于神經外胚層，位置相當于第三腦室頂部。人胚33~36天時，此處室管膜增厚，即為松果體原基。有時在其前方可發生一個小突，稱為副松果體，多在胚胎后期消失，但亦可殘留形成為成體的囊腫。2個月時，增厚的松果體原基向外突起，先形成小囊狀，以后細胞增殖構成實質性器官，只在其基部保留一小腔，即為隱窩。松果體與間腦相連處形成松果體柄。胚胎5個月時，細胞分化為松果體細胞和神經膠質細胞，細胞逐漸成團、索狀排列。6個月時，松果體細胞明顯分化，至第8個月時，松果體已近似成年型。出生后，松果體細胞停止增生，但細胞繼續增大，神經膠質細胞、間質增多。在胚胎后期及幼年早期，松果體細胞由弱嗜鉻性的大細胞和強嗜鉻性的小細胞（未成熟型）組成。當細胞成熟時，核出現凹陷或分葉狀，有核仁，胞質有嗜鉻性細顆粒。電鏡顯示，胚胎后期松果體細胞已有分泌功能。一般來說，人的松果體細胞無感光功能，不能出現從光感細胞演變為內分泌細胞的幾種過渡類型，如有纖毛的原始分泌細型光感細胞、中間型光感-內分泌細胞、完全內分泌細胞。