HPV疫苗的研制成功，在人類與癌癥防控的斗爭史上，可以算作是一點希望的曙光。打一針HPV疫苗就可以防范大部分HPV病毒，可以很大程度上起到預防宮頸癌的作用。但同時一個新新物種的產出必然會帶有爭議。比說其安全性，其副作用等。
以香港注射使用疫苗的幾年為例，直到現在也沒有發現HPV疫苗有什么特別嚴重的副作用反饋，而且有一部分人群在接種HPV疫苗的過程中意外懷孕,但也均未出現對胎兒不利的報告。有少數接種疫苗的人群在接種之后出現過發燒惡心，嘔吐暈眩的癥狀，還有少部分出現過肌肉無力，麻痹的情況，但這些癥狀都很輕微，而且都為個案，沒有集體發作過的現象。
另有一部分比較敏感的人群，在接種過之后針孔處有紅疹、腫痛的現象。但據專家描述，HPV疫苗十分安全，以上的這些反應都是因注射行為導致，而并非因為疫苗本身所引起的。這種疫苗是安全的。衛生專家還說，很多反應是來自注射的行為本身而不是來自疫苗。所以對于HPV疫苗的副作用，可以說沒有，或者說至今還不是很明確。