iPS細胞與胚胎干細胞擁有相似的再生能力，理論上可以分化為成體的所有器官、組織。而相比胚胎干細胞，iPS細胞面臨的倫理道德爭議較小，且應用該技術可以產生基因型與移植受體完全相同的干細胞，規避了排異反應的風險，因而iPS細胞在一定程度上沖擊了胚胎干細胞在再生醫學中的地位，被認為在再生醫學及組織工程方面擁有較為廣闊的應用前景，有望為治愈糖尿病、關節炎等疾病提供新的思路。同時，iPS細胞在新藥開發、疾病模型構建領域也有望得到應用。但iPS誘導技術同樣面臨著誘導效率低、用于治療可能存在長期風險等挑戰。
