枯草芽孢桿菌可以作為微生物調節劑，起到改善水質、抑制有害微生物的作用，能夠創造優良的水生生
態環境。水產養殖的水體由于長期高密度養殖動物， 有大量的餌料殘余、動物殘骸和糞便沉積等污染物積累，容易引起水質惡化進而危害養殖動物的健康，甚至 削減產量引起虧損，對水產養殖業的可持續發展危害巨大。而枯草芽孢桿菌可以定殖在水體中，并通過營養競爭或空間位點競爭形成優勢菌群，抑制有害病原菌( 如弧菌、大腸桿菌) 等有害微生物在水體中的生長 繁殖，從而改變水體和底泥中的微生物數量和結構，有效預防水產動物因水質惡化而引起的疾病。同時，枯 草芽孢桿菌作為一種可以分泌胞外酶的菌種，其分泌的多種酶類能夠有效分解水體有機物，改善水質。例 如，枯草芽孢桿菌產生的活性物質幾丁質酶、蛋白酶和 脂肪酶等，可以分解水體中的有機物，降解動物飼料中的營養素，不但使動物充分吸收和利用飼料中的營養物質，而且能大大改善水質；枯草芽孢桿菌還能調節養殖水體的 pH 值。