決定抗原性的特殊化學基團。大多存在于抗原物質的表面，有些存在于抗原物質的內部，須經酶或其他方式處理后才暴露出來。一個天然抗原物質可有多種和多個決定簇。抗原分子越大，決定簇的數目越多。在各個抗原決定簇中，最易引起免疫應答的是免疫顯性決定簇。決定簇可進一步細分為兩類：①抗原決定簇。作用在B細胞上，并可與對應體的Fab段結合。②免疫原性決定簇。最后作用在T細胞上，與細胞免疫有關。抗原物質的這兩種決定簇的部位決定著體液免疫和細胞免疫的特異性 。蛋白質抗原決定簇的大小一般不超過6～8個氨基酸殘基 ；碳水化合物抗原決定簇約含6 個單位的己糖(六碳糖)；核酸半抗原的每個抗原決定簇約含6～8個核苷酸。抗原決定簇的特異性不僅依賴其氨基酸組成、數目和排列順序，也依賴于分子局部構型以及分子的其余部分對此局部構型的影響。
各種抗原的決定簇數目不同，如白喉類毒素有8個抗原決定簇，流感病毒有40多個抗原決定簇。抗原決定簇大多存在于抗原的表面，但也有隱藏在抗原內部的，如牛血清蛋白的抗原決定簇多于18個，但只有6個暴露在抗原表面，隱藏于抗原分子內部的抗原決定簇一般是無功能的。抗原分子在酶的作用下，使內部的抗原決定簇暴露出來，才能發揮抗原決定簇的作用。