一、圖片簡介 
二、實驗步驟
1. 用1×堿性制膠緩沖液制備1.2%的低融點瓊脂糖,并將凝固好的膠在1×堿性電泳緩沖液中浸泡過夜。 2. 將以下試劑混合以制備磷酰化的寡聚核苷酸: (1)20 μl [γ-32P]ATP(10 mCi/ml,共200 μCi)
(2)1 μl 100 μg/ml 寡聚核苷酸引物
(3)25 μl 10×多核苷酸激酶緩沖液
(4)4 U T4多核苷酸激酶
(5)30℃反應30 min 后,65℃加熱5 min 滅火激酶。
3. 將溶于55 μl 水的18 μg 單鏈模板DNA和9 μl 10×TM緩沖液加入已磷酸化的寡聚核苷酸中,40℃雜交15 min。
4. 加入9 μl 4 mmol/l dNTP混合液和2 μl klenow酶,37℃保溫30 min 以延伸寡核苷酸模板,65℃加熱5 min 滅活klenow酶后置于冰浴。
5. 加入10 μl 10×限制酶緩沖液和40 U 限制性內切酶,37℃保溫45 min 切割探針,65℃加熱5 min 滅活限制酶。 6. 加入100 μl 5mol/l 乙酸銨和500 μl 乙醇,-20℃沉淀過夜或干冰/乙醇中放置15 min,在微量離心機中離心15 min,晾干沉淀。
7. 將沉淀物重溶于25 μl 堿性加樣緩沖液。加樣并在最大電壓降為1.8 V/cm 下電泳4 h。
8. 疑膠用X光感光片曝光5 min,沖洗感光片,對比凝膠和感光片,切下探針所在處的凝膠。 9. 將切下的凝膠移入一個微量離心管中,65℃融化,確定體積后,加入等體積的TE緩沖液,再在65℃保溫10 min。
10. 加入1 μl 10 mg/ml tRNA和緩沖液平衡酚抽提2次后(不要用酚/氯仿),加入0.1體積的3 mol/l pH5.2的乙酸鈉緩沖液及2倍體積無水乙醇沉淀。
11. 沉淀用100 μl 0.3 mol/l乙酸鈉重溶,取1 μl 進行切倫科夫計數。 12. 在不多于50 μg RNA中加入5×104切倫科夫計數的探針,調整最終體枳為100 μl,鹽濃度為0.3 mol/l 乙酸鈉,加入250 μl 乙醇沉淀。
13. 以70%乙醇/30%DEPC處理過的水沖冼,并倒扣在Kimwipes紙上晾干30 min。
14. 重溶沉淀于20 μl S1雜交液,65℃變性10 min,30%雜交過夜。
15. 每個反應中加入以下S1核酸酶反應混合物:
(1)150 μl 2×S1核算酶緩沖液
(2)3 μl 2 mg/ml單鏈小牛胸腺DNA
(3)147 μl 水
(4)300 U S1核酸酶
(5)60℃反應30 min,加80 μl S1終止緩沖液以終止反應。 16. 加1 ml 無水乙醇,沉淀。以70%乙醇冼沉淀,在Speedvac蒸發器中干燥5 min。
17. 重溶于3 μl TE緩沖液和4 μl 甲酰胺加樣緩沖液,煮沸3 min后,置于冰上。 18. 按下面的提示制備合適濃度的聚丙烯酰胺/尿素凝膠。 
19. 在凝膠上加樣3~5 μl 進行分析,凝膠放射自顯影后確定標記DNA片段的大小。 |