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  • 發布時間:2019-03-27 14:49 原文鏈接: mRNA的S1作圖實驗——M13模板

    S1作圖能用以確定RNA的5’端和內含子邊界。

    實驗材料

    mRNA

    試劑、試劑盒

    瓊脂糖電泳緩沖液ATP寡聚核苷酸引物多核苷酸激酶緩沖液T4

    儀器、耗材

    離心機分光光度計搖床

    實驗步驟

    一、圖片簡介
     


    二、實驗步驟
     

    1.  用1×堿性制膠緩沖液制備1.2%的低融點瓊脂糖,并將凝固好的膠在1×堿性電泳緩沖液中浸泡過夜。

     

    2.  將以下試劑混合以制備磷酰化的寡聚核苷酸:


    (1)20 μl   [γ-32P]ATP(10 mCi/ml,共200 μCi)

    (2)1 μl  100 μg/ml 寡聚核苷酸引物

    (3)25 μl  10×多核苷酸激酶緩沖液

    (4)4 U  T4多核苷酸激酶


    (5)30℃反應30 min 后,65℃加熱5 min 滅火激酶。

    3.  將溶于55 μl 水的18 μg 單鏈模板DNA和9 μl 10×TM緩沖液加入已磷酸化的寡聚核苷酸中,40℃雜交15 min。

     

    4.  加入9 μl 4 mmol/l dNTP混合液和2 μl klenow酶,37℃保溫30 min 以延伸寡核苷酸模板,65℃加熱5 min 滅活klenow酶后置于冰浴。

    5.  加入10 μl 10×限制酶緩沖液和40 U 限制性內切酶,37℃保溫45 min 切割探針,65℃加熱5 min 滅活限制酶。

     

    6.  加入100 μl 5mol/l 乙酸銨和500 μl 乙醇,-20℃沉淀過夜或干冰/乙醇中放置15 min,在微量離心機中離心15 min,晾干沉淀。

    7.  將沉淀物重溶于25 μl 堿性加樣緩沖液。加樣并在最大電壓降為1.8 V/cm 下電泳4 h。

    8.  疑膠用X光感光片曝光5 min,沖洗感光片,對比凝膠和感光片,切下探針所在處的凝膠。

     

    9.  將切下的凝膠移入一個微量離心管中,65℃融化,確定體積后,加入等體積的TE緩沖液,再在65℃保溫10 min。

    10.  加入1 μl 10 mg/ml tRNA和緩沖液平衡酚抽提2次后(不要用酚/氯仿),加入0.1體積的3 mol/l pH5.2的乙酸鈉緩沖液及2倍體積無水乙醇沉淀。

    11.  沉淀用100 μl 0.3 mol/l乙酸鈉重溶,取1 μl 進行切倫科夫計數。

     

    12.  在不多于50 μg RNA中加入5×104切倫科夫計數的探針,調整最終體枳為100 μl,鹽濃度為0.3 mol/l 乙酸鈉,加入250 μl 乙醇沉淀。

    13.  以70%乙醇/30%DEPC處理過的水沖冼,并倒扣在Kimwipes紙上晾干30 min。

    14.  重溶沉淀于20 μl S1雜交液,65℃變性10 min,30%雜交過夜。

    15.  每個反應中加入以下S1核酸酶反應混合物: 

    (1)150 μl  2×S1核算酶緩沖液

    (2)3 μl  2 mg/ml單鏈小牛胸腺DNA

    (3)147 μl  水

    (4)300 U  S1核酸酶

    (5)60℃反應30 min,加80 μl S1終止緩沖液以終止反應。
     

    16.  加1 ml 無水乙醇,沉淀。以70%乙醇冼沉淀,在Speedvac蒸發器中干燥5 min。

    17.  重溶于3 μl TE緩沖液和4 μl 甲酰胺加樣緩沖液,煮沸3 min后,置于冰上。

     

    18. 按下面的提示制備合適濃度的聚丙烯酰胺/尿素凝膠。
     

     

    19.  在凝膠上加樣3~5 μl 進行分析,凝膠放射自顯影后確定標記DNA片段的大小。


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